Les principaux partenaires du CNRS en région Aquitaine sont les suivants :
Universités
Ecoles et instituts
- à Bordeaux : 1 école et 2 instituts
- Ecole nationale supérieure d’Arts et Métiers - ENSAM
- Institut polytechnique de Bordeaux (IPB) (dont Ecole nationale supérieure d’électrique, informatique, télécommunications, Mathématique et mécanique de Bordeaux - ENSEIRB-MATMECA et Ecole nationale supérieure de chimie, de biologie et de physique (ENSCBP)
- Sciences Po Bordeaux - IEP
Collectivités territoriales
- 1 Conseil régional : Aquitaine
Autres
- Centre hospitalier universitaire (CHU) de Bordeaux
- Commissariat à l’énergie atomique (CEA)
- Institut national de recherche agronomique (INRA)
- Institut national de recherche en informatique et en automatique (INRIA)
- Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM)