Pour répondre aux besoins des domaines d'activité concernant plusieurs sections ou instituts, le CoNRS comporte également des commissions interdisciplinaires (CID), créées par arrêté ministériel.

Indépendance, compétence, représentativité, pérennité, collégialité et transparence sont les valeurs partagées du Comité national qui visent à garantir la pertinence et la cohérence des évaluations des sections et CID, dans le respect rigoureux de la diversité académique.
La déclinaison de ces valeurs se retrouve notament dans l'affichage des critères d'évaluation des CID définis par chaque communauté.