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Pour répondre aux besoins des domaines d'activité concernant plusieurs sections ou instituts, le CoNRS comporte également des commissions interdisciplinaires (CID) par arrêté ministériel.
50 : Gestion de la recherche
51 : Modélisation et analyse des données et des systèmes biologiques : approches informatiques, mathématiques et physiques
52 : Environnements sociétés : du fondamental à l'opérationnel
53 : Méthodes, pratiques et communications des sciences et des techniques
54 : Méthodes expérimentales, concepts et instrumentation en sciences de la matière et en ingéniérie pour le vivant
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