Mare de la Grande Terre de Guadeloupe. Dans cette région, les milieux aquatiques sont principalement constitués par des mares naturelles ou artificielles qui hébergent une faune d’invertébrés d’eau douce très variée.

Étang de Beaugu dans la Brenne, région dite "aux mille étangs", dans le Berry. L’étang est recouvert de nénuphars jaunes.

Depuis l’apparition de la vie au fond des océans primordiaux, les organismes n’ont fait que se multiplier en se diversifiant de façon considérable. Aujourd’hui, les divers écosystèmes aquatiques continentaux abritent en leur sein une multitude d’espèces vivantes fort différentes.
La population d’un écosystème aquatique donné dépend fortement de ses conditions d’habitat, c’est-à-dire de facteurs tels que la température, la profondeur et la qualité des eaux, la vitesse des courants, la luminosité, le type de fond… Flore et faune peuvent donc être extrêmement différentes d’un écosystème à l’autre, ou même d’un lieu à l’autre au sein d’un même écosystème. Elles peuvent aussi varier en fonction des saisons. Dans les cours d’eau, par exemple, les populations de poissons varient de l’amont vers l’aval. Dans les écosystèmes souterrains où la lumière ne pénètre jamais, on ne trouve en règle générale que des bactéries et quelques rares espèces animales, alors que les écosystèmes de surface recèlent une grande variété d’espèces animales et végétales.

Les espèces vivantes les plus petites, le plus souvent de taille microscopique et donc invisibles à l’œil nu, vivent en suspension dans l’eau, souvent près de la surface, flottant au gré des courants. Elles forment le plancton : le plancton végétal appelé phytoplancton, qui est le premier maillon de la chaîne trophique, et le plancton animal appelé zooplancton. Seules les eaux courantes très rapides ne permettent pas, ou peu, le développement du plancton.

De nombreux autres végétaux de tailles plus conséquentes et visibles à l’œil nu se développent dans les écosystèmes aquatiques continentaux de faibles profondeurs. Certains flottent à la surface de l’eau comme les lentilles d’eau des étangs, ou dérivent avec les courants comme certaines algues dans les cours d’eau. D’autres sont fixés au sol comme les roseaux ou les nénuphars dont les feuilles flottent en surface.

Les animaux, quant à eux, invertébrés, poissons, mammifères, oiseaux, insectes, reptiles ou amphibiens en tout genre, se déplacent à leur convenance. Leur variété est très grande. On recense ainsi jusqu’à quelques cinquante espèces différentes de poissons dans les cours d’eau d’Europe du Nord : certains chérissent les eaux froides et courantes, comme la truite et le vairon, d’autres préfèrent les eaux calmes des lacs, des étangs ou des rivières au courant faible, comme le brochet, ou encore la tanche qui affectionne particulièrement les milieux riches en végétation aquatique. A leur côté, suivant la latitude et le type d’écosystème, peuvent s’ébattre loutres, castors, ragondins ou hippopotames, poules d’eau, héron, grèbes ou martins pêcheurs, moustiques, libellules ou araignées d’eau, crocodiles, grenouilles, crapauds, salamandres ou tritons… Les anguilles quant à elles colonisent tous les milieux aquatiques d’eau douce à l’exception des torrents.