Accélération : c’est une hétérochronie du développement. Elle se caractérise par l’accélération du développement de certains organes, c’est donc la forme qui est affectée et non la taille. La maturité sexuelle est atteinte à l’âge normal.


ADN : abréviation d’Acide DésoxyriboNucléique. Cette molécule, de structure hélicoïdale, est plus ou moins longue selon les espèces (cyclique chez les bactéries, finie chez les organismes pluricellulaires). Elle se compose d’un unique ou de deux brins appariés. Elle est classiquement composée de quatre paires de bases azotées : adénine associée à la thymine, et cytosine associée à la guanine. Sa longueur est exprimée en nombre de bases.
Allopatrique : se dit d’une espèce qui s’est différenciée d’une autre par isolement géographique. L’élément séparateur, que l’on nomme barrière, est très variable : chaîne de montagnes, océan, limite climatique…
Ancêtre : un ancêtre, comme il est défini en systématique, n’existe pas. Il s’agit d’un organisme hypothétique qui possède des caractères dans leur état primitif. Sur un arbre phylogénétique, il se situe donc au niveau d’un nœud, et non sur une branche terminale.
Angiospermes : ce groupe est apparu timidement durant l’ère Secondaire, pour ne devenir important qu’à la fin de cette ère, c’est-à-dire depuis environ 80 à 100 millions d’années (durant le Crétacé). Au cours du Tertiaire, ces plantes sont devenues de plus en plus prépondérantes à la fois en biomasse et en diversité.
Les Angiospermes sont caractérisées par des ovules enfermés dans une enveloppe ou un organe clos appelé carpelle, l’ensemble des carpelles d’une même fleur et de leurs appendices (styles et stigmates) forme le gynécée, dont la transformation après fécondation donne le fruit contenant les graines. Les Angiospermes souvent appelées “plantes à fleurs” devraient en fait être appelées
plantes à fruits, car les fleurs ne sont pas exclusives des Angiospermes.

Apomorphe : se dit d’un état de caractère quand celui-ci est dérivé, c’est-à-dire évolué par rapport à l’état plésiomorphe (ou primitif). C’est une notion relative, pas absolue; c’est-à-dire qu’un état de caractère ne peut être apomorphe (ou plésiomorphe) que par rapport à un autre état.

Arbre évolutif : un arbre évolutif représente une hypothèse quant à l’évolution des espèces. Il montre entre autres les relations de parenté entre les différents taxons.

Arbre phylogénétique : un arbre phylogénétique montre les relations de parenté entre les différents taxons et met en évidence une histoire des caractères. Dendrogramme ou autre diagramme montrant les relations ancêtre-descendants ou les relations généalogiques entre les différents taxons, inférées par diverses observations.
Archéocyathes : ces organismes à morphologie de type éponge, actuellement considérés comme une classe éteinte du groupe des démosponges, apparaissent au cours du Tommotien (environ 10MA au-dessus de la limite Cambrien/Précambrien). Ils sont les premiers métazoaires participant à l'édification de récifs. En fait, les recherches montrent que leur rôle constructeur est secondaire et généralement subordonné au développement des calcimicrobes qui leur sont associés. L'archéocyathe type correspond à un double cône inversé, poreux, l'espace entre les deux cônes étant rempli par des structures squelettiques variées (le squelette est formé de calcite microgranulaire). D'un point de vue écologique, ils sont limités aux zones intertropicales et occupent les zones intertidales et subtidales. Ce sont des organismes filtreurs, sténothermes, sténobathes et sténohalins, de milieu agité et peu turbide. Particulièrement abondants au Botomien (partie moyenne du Cambrien inférieur), ils déclinent ensuite fortement pour disparaître au Cambrien supérieur. Les archéocyathes ont un intérêt biostratigraphique, notamment pour la définition des étages du Cambrien inférieur de Sibérie (Tommotien, Atdabanien, Botomien, Lénien).

Archaeoptéridales : les Archaeopteris sont probablement, avec les Lycophytes, les premières formes arborescentes sur terre. Ces arbres-fougères poussant en effet du Dévonien supérieur au Carbonifère inférieur (375 à 350 Ma) pouvaient atteindre 30 m de haut. Ils portaient des feuilles à nervation dichotomes et libéraient des spores.

ARN : abréviation d’Acide RiboNucléique. L’ARN est fabriqué dans le noyau. C’est une réplique d’une partie de l’ADN (un gène). La thymine y est remplacée par de l’uracile (on parle de transmission). La cellule va ensuite traduire cet ARN messager en protéine (succession d’acides aminés).
Bennettitales : ce sont des plantes ligneuses aux tiges trapues, ou allongées et ramifiées, rencontrées du Trias au Crétacé inférieur (240-130). Les feuilles sont morphologiquement semblables à celles des Cycadales et ces plantes ont longtemps été placées avec les Cycadales dans un groupe nommé Cycadophytes. Les organes reproducteurs sont groupés en cônes unisexués ou hermaphrodites assimilés à des “fleurs”. Les feuilles fertiles mâles externes portent des sporanges en position de pinnules. Les ovules sont portés sur un court pédoncule rattaché à l’axe du cône entre des écailles stériles.

Berceau : le berceau d’un taxon est son lieu géographique d’origine. On y associe bien entendu le climat et l’environnement.
Bilatériens : animaux présentant deux axes de polarité (antéro-postérieur et dorso-ventral) qui ont pour corollaire une symétrie bilatérale. L'axe antéro-postérieur est parallèle au sens de déplacement de l’animal et le tube digestif est ouvert aux deux extrémités..

Biogéographie : science qui étudie les répartitions géographiques des taxons. Elle permet d’établir des zonations.
Biostratigraphie : discipline qui s’intéresse à la répartition temporelle des espèces, ainsi qu’à leurs successions au cours du temps. Elle permet ainsi l’obtention d’une chronologie, dont les datations relatives sont parfois extrêmement fines. Pour cela, on va utiliser des fossiles qu’on appelle stratigraphiques.
Bryophytes : les Bryophytes s.l. comprennent les Hépathiques et les mousses. Les Bryophytes au sens strict renferment uniquement les mousses. Les mousses présentent un axe feuillé qui ne comporte pas réellement de tissus conducteur. Cet appareil végétatif archaïque représente la partie haploïde (à n chromosomes) de la plante.

Cambrien : la période la plus ancienne de l'ère Paléozoïque actuellement définie par l'apparition d'une trace fossile, un terrier nommé Trichophycus pedum dans une succession de roches datée à 543 MA (Terre-Neuve, Canada). Le Cambrien se termine à environ 490 MA. Durée totale : 53 MA.

Caractère : un caractère est une particularité anatomique ou moléculaire définie par un chercheur. Un caractère se divise en au moins deux états : primitif (plésiomorphe) ou dérivé (apomorphe).
Catastrophisme : théorie selon laquelle des événements violents et de courte durée affectent la surface terrestre. Les modifications induites entraînent ensuite des conséquences dramatiques pour la faune et la flore.
Caytoniales : ces plantes du Trias supérieur au Crétacé supérieur (210-75 Ma) portent des ovules très petits enfermés dans des petites outres disposées à la place des pinnules sur les frondes fertiles. Ces plantes ne sont encore malheureusement que très partiellement connues.

Centre d’origine : lieu d’émergence d’un taxon.
Chordés : animaux caractérisés par un axe rigide dorsal de soutien (la chorde, tissu fibreux). Parmi les chordés : les ascidies, les céphalocordés (Amphioxus) et les vertébrés.

Cladistique : méthode de comparaison des taxons entre eux. Un taxon est défini comme un ensemble de caractères, chacun dans un certain état de caractères. Les taxons sont rassemblés deux par deux (on parle de groupes frères) en fonction des caractères qu’ils présentent dans leurs états dérivés uniquement.
Cladogenèse : c’est un mode de spéciation un peu particulier, où une espèce souche donne naissance à au moins deux espèces filles. Graphiquement cela peut se représenter par une " branche d’arbre " se divisant en plusieurs rameaux.
Cladogramme : diagramme montrant des relations de parenté entre différents taxons. Un cladogramme n’est pas un arbre évolutif et ne peut permettre d’établir un scénario évolutif.
Classification : discipline ayant pour but de classer les organismes vivants en fonction de leurs états de caractères.
Coniférophytes : les conifères sont apparus au Permien (260 Ma), les conifères actuels appartiennent à l'ordre des Coniférales. Ce sont essentiellement des arbres, aux feuilles entières simples à nervation parallèles (Araucaria, Podocarpes) ou des feuilles réduites à des écailles ou à des aiguilles (pins, sapins). Ce sont de plantes à graines nues (Gymnospermes). Les appareils reproducteurs mâles et femelles sont condensés en cônes. Les ovules comportent une enveloppe non vascularisée. Les grains de pollen comportent deux sacs aérifères, ou sont plus ou moins globoïdes.

Cordaïtes : ces arbres du Carbonifère (360-290 Ma) produisaient un bois très développé, les feuilles sont entières, longues (jusqu’à 1 m de long) et larges à nervation parallèle, insérées en spirales à l’extrémité des rameaux. Les tiges présentent une large moelle cloisonnée horizontalement. Les ovules présentent une enveloppe très épaissie, et une symétrie bilatérale. Les organes mâles sont en épillets à l’aisselle de feuilles réduites (bractées). Les grains de pollen comportent un sac aérifère.

Corytospermales : petit groupe de plantes ligneuses du Trias, à frondes dichotomes, à "fleurs" unisexuées et portant des ovules dans des cupules en casques bifides ouverts. Ce groupe est rencontré dans les gisements gondwaniens.

Créationnisme : théorie selon laquelle un être suprême a créé, à une ou plusieurs reprises, la vie sur Terre. Cette notion s’oppose à l’évolutionnisme.
Cuvier (1769-1832) : naturaliste français "inventeur" de l’anatomie comparée : des caractéristiques très différentes peuvent être associées, par exemple les types de dents, de mains ou de pieds chez les vertébrés.
Cycadales : apparu au Carbonifère supérieur (320 Ma), ce groupe est encore représenté par 3 familles actuelles, les Cycadaceae, Zamiaceae et Stangeriaceae qui regroupent ensemble une centaine d’espèces. Ce sont des plantes ligneuses dioïques à feuilles pennées, portées en spirales sur des tiges trapues. Les ovules sont portés sur les marges des feuilles fertiles et groupés en cônes. Les ovules sont très vascularisés. Les grains de pollen présentent un sillon.

Darwin (1809-1882) : naturaliste anglais, auteur de De l’origine des Espèces , et fondateur du Darwinisme.
Darwinisme : théorie selon laquelle l’évolution résulte de la variation et de la survivance du plus apte.
Dawkins : auteur de livres ayant souligné l'importance de la sélection naturelle et des niveaux auxquels elle opère (la première édition de The selfish gene a été publiée en 1976).
Dérive des continents : théorie élaborée en 1910 par Alfred Wegener selon laquelle les continents flottent à la surface d’un magma et se laissent dériver. De nombreux indices lui ont permis de formuler cette théorie (côtes orientale de l’Amérique du Sud et occidentale d’Afrique complémentaires; mêmes fossiles de part et d’autre de l’Atlantique au niveau de l’Afrique et du Brésil). Le seul point faible de sa théorie était le moteur de la dérive. D’après Wegener, il s’agissait de la force de Coriolis (due à la rotation de la Terre). La théorie de la dérive des continents a depuis été affinée en modèle de tectonique des plaques.
Dérive génétique : modification du génome d’un petit groupe d’individus au cours des générations successives, généralement due à l’isolement géographique d’une population.
Deutérostomiens : animaux chez qui la bouche est une formation secondaire. Le tout premier orifice de l’embryon est l’anus. Parmi eux les échinodermes et les chordés.
Développement : ensemble des phénomènes ayant cours depuis la cellule œuf jusqu’à la mort d’un organisme. On l’appelle aussi ontogenèse. La partie du développement ayant lieu avant la naissance, ou l’éclosion, est appelée embryogenèse.
Dispersion : modèle (ou pattern) de distribution géographique ou spatiale (par exemple dans un unique arbre) des individus au sein d’une espèce. La dispersion peut être uniforme, aléatoire, irrégulière, "agglomérée" ou "diluée".
Ecologie : étude des relations des êtres vivants avec leur environnement. L'écologie s'intéresse en particulier à décrire et expliquer la distribution et l'abondance des espèces dans l'environnement.
Ecologue : chercheur scientifique qui travaille en écologie.
Ecosystème : unité écologique comprenant l’environnement : la faune et la flore, ainsi que les facteurs " non-vivants " y intervenant (roche, cours d‘eau…).
Effets biotiques et abiotiques : facteurs de l'environnement qui peuvent être dus à des organismes biologiques (effets biotiques) ou à des processus physiques ou chimiques (effets abiotiques).
Endémisme : un taxon est dit endémique d’une région quand on ne peut trouver ce taxon que dans cette zone. Les régions à fort taux d’endémisme sont appelées des points chauds, ou Hot Spots (par exemple Madagascar pour les Lémuriens).
Equilibres ponctués : théorie émise par les professeurs Gould et Eldredge dans les années 1970. D’après eux, l’évolution n’est pas graduelle. Elle correspondrait à une alternance de périodes de stases, pendant lesquelles les espèces semblent "fixes", et de périodes de radiation "rapide".
Espèce : au sens biologique du terme, une espèce se définit par l’interfécondité de deux individus mais également par la fécondité de la première génération. Bien entendu, en paléontologie, cette définition est limitée à l’anatomie.
Espèces jumelles : deux espèces sont jumelles si elles sont morphologiquement très proches, voire identiques, mais d’origines différentes.
Evolution : paradigme en vigueur actuellement, selon laquelle, au fur et à mesure des générations, une espèce se modifie.
Evolution phylétique : modèle de l’évolution qui prédomine dans le registre fossile, selon lequel la morphologie d’une espèce reste constante pour une longue période et les nouvelles espèces apparaissent relativement soudainement et évoluent de façon allopatrique alors que l’espèce ancestrale persiste généralement sans changement morphologique. Evolution apportant des changements dans les lignées mais peu ou pas de changement dans le nombre de groupes taxinomiques.
Explosion Cambrienne : l'origine du concept se trouve chez William Buckland puis Charles Darwin dans son Origine des espèces (1859) qui s'interrogent déjà sur l'apparition soudaine des principales lignées animales actuelles dans les roches cambriennes et sur la curieuse absence d'enregistrement fossile dans les séries sous-jacentes. Episode du Cambrien au cours duquel la diversité des organismes vivants est la plus importante. Plus que le nombre d’espèces, c’est le nombre d’embranchements qui est maximum.
Extinctions : phénomène graduel ou rapide conduisant à la disparition définitive et non réversible d’un taxon.
Faune d'Ediacara : la faune d'Ediacara tire son nom de la localité d'Australie (Ediacara Hills au Nord d'Adélaïde) où les premières impressions d'organismes à corps mou du Protérozoïque ont été découvertes il y a environ 50 ans. Reconnue depuis sur tous les continents, cette faune cosmopolite typiquement conservée à l'état de moules dans des sédiments silicoclastiques d'environnements peu profonds est remarquablement diversifiée (environ une centaine d espèces) bien que son plan d'organisation reste uniforme. Il s'agit d'organismes à symétrie radiale ou bilatérale, sans structures squelettique, constitués de feuillets minces indiquant des échanges avec le milieu par diffusion ionique et gazeuse (sans la participation d'organes complexes) et abritant peut-être des algues symbiotiques dans leurs tissus. Leur grande disparité morphologique suggère qu'ils occupaient des niches écologiques variées (espèces médusoïdes pélagiques et espèces épibenthiques fixées). Deux opinions s'opposent quant à leurs affinités. Certains auteurs les considèrent comme de véritables métazoaires primitifs et reconnaissent parmi eux de possibles représentants des cnidaires (ex: Dickinsonia), des cténophores et des formes lisses de type Plathelminthe. D’autres soutiennent l'hypothèse de formes de vie différentes complètement originales, les Vendobionta ou Vendozoa. La faune d'Ediacara s'éteint il y a environ 550 millions d'années, même si de rares formes tendent à subsister au Cambrien (ex: Thaumaptilon des Schistes de Burgess). La faune d'Ediacara est l'élément majeur d'un écosystème marin protérozoïque probablement dépourvu de prédateurs et d'endobenthos. Son extinction reste inexpliquée, mais semble coïncider avec le développement des prédateurs et organismes hétérotrophes qui s'imposeront dans l’écosystème marin dès le Cambrien inférieur. Des changements environnementaux (augmentation de l'oxygène dissout au cours de la transition Protérozoïque/Cambrien) ont également pu jouer un rôle déterminant dans leur disparition.
Filicophytes : ce sont les fougères, qui sont apparues au Carbonifère inférieur (360 Ma) et qui se sont rapidement diversifiées. Leurs tiges érigées (fougères arborescentes) ou rampantes (rhizome), portent des organes foliacées appelés frondes. Les tiges ne produisent pas de bois, aussi ces plantes n’atteignent jamais de dimensions importantes. Les frondes fertiles portent des sporanges libérant les spores qui assurent la reproduction de ces plantes. Les fossiles sont nombreux et correspondent à diverses familles dont beaucoup ont encore des représentants dans la flore actuelle.

Fixisme : théorie selon laquelle l’espèce est fixe et immuable, car définie comme telle depuis sa création par l’auteur de la Création.
Flux génique : échange de génome (patrimoine génétique) entre deux populations interfécondes.
Fossile : c’est une empreinte minérale (ou une relique prisonnière d’une résine végétale comme de l’ambre) d’un être vivant, animal ou végétal. Elle peut être tout ou partie de l’organisme, ou son empreinte laissée dans le sédiment.
Fossile stratigraphique : un fossile est dit stratigraphique quand les quatre conditions suivantes sont réunies : une large répartition géographique; un grand nombre d’individus; une courte présence temporelle dans l’histoire de la Terre; une indépendance complète de l’animal vis-à-vis de son environnement. Ce sont généralement des invertébrés marins.
Fossilisation : ensemble des processus qui permettent le passage de la matière organique d’un organisme mort à une empreinte minérale. Pour avoir une bonne fossilisation, il faut un taux de sédimentation important et un enfouissement rapide ainsi qu’un milieu anoxique (sans oxygène).
Génération spontanée : ancien concept selon lequel la matière vivante apparaît à partir de matériel mort sans influence de l’extérieur (environnement ou force supranaturelle, voire divine).
Gènes homéotiques: pour prendre l’exemple de la mouche (arthropode), l’identité anatomique des segments (ex: le développement des pattes, antennes sur les segments appropriés du corps) est contrôlée par des gènes homéotiques. Ces gènes sont présents chez tous les animaux et certaines séquences de ces gènes (homeobox) sont identiques ou très semblables chez des groupes aussi éloignés que les insectes, cnidaires ou êtres humains.
Génétique : science étudiant la structure et les mutations (modifications) de l’ADN.
Génétique du développement : c’est une science relativement récente. Elle étudie l’élaboration de structures, comme les membres, par exemple. Ainsi l’élaboration d’un membre est la conséquence de réaction et d’activation de différents gènes en chaînes.
Génome : ensemble des informations génétiques portées par la chaîne d’ADN.
Gigantisme : c’est une hétérochronie du développement ou seule la taille est affectée. Les individus sont plus grands que la normale.
Ginkgoales : les plus anciens fossiles connu de ce groupe remontent au Permien (260 Ma). L’unique représentant actuel est le Ginkgo biloba L. seul survivant de cette lignée très diversifiée durant l’ère secondaire. Ce sont des arbres dioïques dont les feuilles sont entières ou découpées (souvent échancrées dans la partie médiane) et à nervation dichotome. Les pieds mâles portent des organes reproducteurs en chatons lâches. Les ovules sont portés sur les arbres femelles par paires.

Glossoptéridales : du nom du genre Glossopteris (Famille des Glossopteridacées). Ordre de plantes du la fin du Carbonifère à la fin du Trias (250-210 Ma) caractéristique du continent austral appelé Gondwana. Ces plantes portent des feuilles entières à nervation réticulée insérées en groupe à l’extrémité des rameaux. Les ovules sont groupés dans des structures diverses, portées par le rachis de la feuille.

Gnétophytes (ou Gnétales, ou Chlamydospermes) : ce sont de plantes à graines nues (Gymnospermes). Les plantes sont ligneuses à feuilles opposées, les fleurs sont plus ou moins périanthées monoïques ou dioïques. Les inflorescences sont des chatons mâles ou femelles. L’enveloppe interne de l’ovule allongé forme une “chemise” (chlamys) entourant entièrement la partie fertile femelle. Les représentants actuels appartiennent à trois groupes très différents d’un point de vue morphologique (Gnétacées, Ephédracées, Welwitschiacées).

Gradualisme phylétique : processus ou pattern évolutif selon lequel les changements morphologiques apparaissent graduellement et de façon continue, au sein d’une lignée évolutive, de telle façon qu’une espèce ancestrale se modifie imperceptiblement en une nouvelle espèce fille. Cette notion est l’opposée des équilibres ponctués.
Gymnospermes : défini par opposition à Angiospermes, ce groupe a une définition ambiguë car il correspond étymologiquement aux plantes à graines nues, et plus largement à ovules nus. Il comprend ainsi l'ensemble des Spermatophytes excepté les Angiospermes : ce groupe est un grade ou niveau d'organisation, mais pas un clade.

Hamilton W. D. : chercheur britannique à l'origine de plusieurs hypothèses importantes en écologie évolutive, dont la théorie de la sélection de parentèle.
Hennig (1913-1976) : on dit de lui qu’il est le père de la cladistique. C’était un entomologiste allemand, inventeur de la méthode cladistique.
Hépatiques (Marchantiacées et Anthoceros) : le plus ancien fossile connu date du Dévonien supérieur qui se présente sous la forme d’une lame dichotome. Ce sont très probablement les premières plantes terrestres, poussant encore à l’heure actuelle dans des milieux très humides. Ce sont des plantes embryophytes sans tissus bien différencié qui poussent en formant des lames vertes (thalle) haploïdes (à n chromosomes) donnant des gamètes. Les sporogones produisant les spores sont l’équivalent de la partie diploïde (à 2n chromosomes) de la plante.

Hérédité : transfert des caractères d’une génération à une autre par l’intermédiaire des gènes.
Hérédité des caractères acquis : d’après cet axiome, une fois un caractère apparu, il est transmis directement à la génération suivante. Or, ceci se révèle faux, ou plutôt trop simpliste; ainsi, les fils d’un bûcheron ne naîtront pas plus fort que leur père!
Hétérochronies du développement : phénomènes qui modifient la forme et la taille données d’un individu par rapport à sa maturation sexuelle.
Hiérarchie Linéenne : règle (ou organisation) selon laquelle une espèce appartient à un genre donné, qui lui-même appartient à une famille. Cette famille fait partie d’un ordre, compris dans une classe, etc…
Homéobox : on dit aussi homéoboîte. Sur la chaîne d’ADN, ce sont les 180 premières paires de bases précédant un gène. Toutes les homéobox de tous les gènes sont pratiquement identiques. Les 60 acides aminés associés sur la protéine finale constituent l’homéodomaine. On retrouve ce système d’homéobox chez tous les métazoaires. Il y a donc une origine commune à tous les métazoaires, et cette information peut être utile en phylogénie.
Homologie : deux états de caractères sont dits homologues s’ils sont hérités d’une même structure commune.
Homoplasie : une homoplasie est une non-homologie. Elle peut être due à une réversion (retour à un état de caractère ancien) ou à une convergence (ressemblance très forte, sans relation de parenté).
Horloge moléculaire : un site moléculaire (sur une molécule d’ADN) se modifie (mute) à intervalles de temps réguliers. Cela permet de quantifier la vitesse d’évolution. Un problème lié à celui de l’horloge moléculaire est celui dit de "l’attraction des longues branches" (plusieurs mutations successives peuvent redonner, "à terme", le même pattern qu’au départ; or, il est impossible de les différentier dès lors).
Hybridation : croisement de deux espèces. Il arrive que l’hybridation de deux espèces proches donne naissance à une première génération fertile.
Hybride : individu né du croisement (donc de la reproduction sexuée) de deux individus d’espèces différentes. Les hybrides sont en principe stériles.
Hybridogenèse : naissance d’une nouvelle espèce, au génome propre, par hybridation.
Hydraspermacées (et groupes proches) : ce sont les premières plantes à ovules. Les axes ramifiés portent des ovules simples ouverts et non spécialisés. Les organes vecteurs des gamètes mâles (pré-pollen) arrivés sur l’ovule pouvaient germer grâce à une sécrétion de celui-ci et libérer les gamètes assurant la fécondation et la formation de l’embryon.

Hypermorphose : c’est une hétérochronie du développement. Elle se caractérise par un retard de la maturité sexuelle, associée à un accroissement de la taille.
Lamarck (1744-1829) : naturaliste français, père de la théorie du lamarckisme. Ses propos furent jugés hérétiques à l’époque, et il dut se rétracter publiquement à la Sorbonne.
Lamarckisme : théorie du XIXe siècle selon laquelle des changements de l’environnement provoquent des changements structuraux chez un organisme. Par exemple en induisant la formation ou l’hypertrophie d’un organe (ou à l’opposé, la réduction, l’atrophie ou la disparition d’un organe) de façon adaptative.
Linné (1707-1778) : naturaliste suédois, inventeur de la nomenclature binominale. Chaque être vivant est ainsi caractérisé par son genre et son espèce.
Lycophytes : ce groupe comporte les lépidodendrons et sigillaires, proches parents des lycopodes et sélaginelles actuels. Les premières Lycophytes sont apparues au Dévonien moyen ( 380 Ma). Très diversifié durant le Carbonifère avec des arbres de près de 40 m de haut, ce groupe n’est plus représenté actuellement que par quelques plantes herbacées. Les tiges ligneuses des lépidodendrons et sigillaires arborescents du Carbonifère présentent une écorce ornementée. Cette ornementation correspond à la cicatrice laissée par les “feuilles” rudimentaires de ces plantes après leur chute. Les ramifications sont dichotomes. Les organes reproducteurs sont des sporanges portés par les écailles de strobiles. Les spores sont de deux types : macrospores (femelle) et microspores (mâles).

Lyginoptéridacées : ces plantes du Carbonifère inférieur (360-320 Ma) portent des frondes différenciées, dichotomes, et portent ovules à symétrie axiale, l’enveloppe des ovules présente un système de fermeture complexe. L’ovule est entouré d’une enveloppe supplémentaire : la cupule.

Macroévolution : évolution au niveau macroscopique, donc très lente, basée sur les données anatomiques d’un taxon.
Maynard S. J. : chercheur britannique à l'origine d'avancées théoriques importantes en écologie évolutive. Il est l'initiateur de l'intégration de la théorie des jeux dans les raisonnements sur les stratégies adaptatives.
Médullosacées : ces plantes ont été retrouvées dans le Carbonifère moyen à supérieur et le Permien inférieur (320-260 Ma). Les axes dressés portant des frondes (Neuropteris, Alethopteris, …) ont un structure anatomique particulière. Leurs ovules trigones sont très gros (jusqu’à 12 cm de long), l’enveloppe est refermée à maturité, et forme une chambre pollinique où se développe les grains de pollen avant la fécondation qui est réalisé par des gamètes mâles nageurs.

Mendel (1822-1884) : botaniste tchèque, fondateur de la génétique.
Métazoaires : rganismes pluricellulaires mobiles (=les animaux) tous hétérotrophes (ils obtiennent leur carbone et leur énergie à partir de composés organiques produits par les organismes photosynthétiques). Parmi les caractères dérivés propres aux métazoaires, le collagène, protéine qui constitue la trame fondamentale de l'architecture pluricellulaire.
Microévolution : évolution au niveau moléculaire.
Migration : déplacement de populations d’une région à l’autre.
Monophylétique : on parle aussi de groupe naturel. Un groupe monophylétique comprend tous les taxons issus d’un même ancêtre commun. Par exemple, le groupe des oiseaux est monophylétique.
Mutation : modification à deux niveaux : soit moléculaire (changement d’une base azotée), soit macroscopique (transformation d’un membre par exemple).
Nanisme : hétérochronie du développement affectant uniquement la taille. Les individus sont plus petits que la normale.
Néo-Darwinisme : nouvelle théorie de l’évolution qui correspond à une reformulation du Darwinisme, en fonction de la génétique moderne.
Néoprotérozoïque : le Protérozoïque est le dernier étage du Précambrien ; il couvre la période de l'histoire de la Terre allant de 2,5 milliards d’années à environ 543 millions d’années. Le Néoprotérozoïque correspond à l’intervalle 900-543 MA.
Néoténie : c’est une hétérochronie du développement. Elle se caractérise par un retard de développement de certains caractères : la forme est affectée, pas la taille. La maturité sexuelle est atteinte à l’âge normal. La néoténie peut être totale, sauf en ce qui concerne l’âge où la maturité sexuelle est atteinte, ou partielle.
Nucléotide : base azotée dans la chaîne d’ADN ou d’ARN. Ce sont la guanine, qui s’apparie avec la cytosine et l’adénine, qui s’apparie avec la thymine, dans la double chaîne d’ADN. Dans la chaîne d’ARN, la thymine est remplacée par l’uracile.
Paléobiogéographie : science qui étudie les relations géographiques entre les taxons fossiles et les continents. Elle permet aussi de reconstruire les cartes paléogéographiques, et de tester les données et les hypothèses d’autres disciplines (paléomagnétisme, etc.).
Paléoécologie : science qui étudie les relations entre les organismes fossiles et leur environnement, et qui s’essaie également à reconstruire ces anciens milieux de vie.
Paléontologie : science qui étudie les fossiles, ainsi que leurs traces d’activité.
Panspermie (théorie de la) : proposée par Arrhenius en 1905. Selon l'auteur l‚univers étant infini dans l'espace et le temps, il n'y aura pas de commencement à la vie. Celle-ci se propagerait dans les espaces interstellaires sous forme de germes, de spores ou de grains poussés par la pression de la lumière. Actuellement, certaines théories relatives à l'origine de la vie sur Terre font appel à un apport de molécules organiques par des météorites ou des comètes.
Paraphylétique : se dit d’un groupe composé par une partie seulement de la descendance d’un ancêtre commun. Ainsi les "reptiles" forment un groupe paraphylétique, car les oiseaux, descendants de certains dinosaures, ne sont pas inclus à l’intérieur.
Pattern (ou modèle "fini") : opposé au process (processus de transformation). Anglicisme se reportant au schéma (à la combinaison de caractères) donné par un taxon.
Pédomorphose : hétérochronie du développement se caractérisant par la conservation de caractères juvéniles à l’âge adulte. Ce sont la néoténie et la progenèse.
Peltaspermales : plantes du Trias - Lias (245-180 Ma) à ovules groupés en amas sur des disques peltés, fronde comparable à celle des fougères. L’organisation interne des tiges est inconnue.

Pentoxylales : ces plantes du Jurassique au Crétacé inférieur (180-130 Ma) présentent une tige à cinq massifs ligneux (xylème), d’où le nom de Pentoxylales donné à cet ordre. Les feuilles sont à nervation pennée. Les ovules sont groupés à l’extrémité de tiges ramifiées. L’appareil mâle est constitué d’un réceptacle portant de nombreux petits axes avec à l’extrémité les sporanges.

Péramorphose : hétérochronie du développement se caractérisant par l’acquisition de caractères hyperadultes. Ce sont l'hypermorphose et l’accélération.
Phénétique : se dit d’une classification établie d’après la similitude des taxons entre eux. Dans ce cas, elle n’est pas construite en fonction des états de caractères, apomorphes ou plésiomorphes.
Phénogramme : schéma de représentation des liens de parenté entre taxons, établi d’après leurs degrés de similitude, sans tenir compte du degré de parenté.
Phylogénie : science qui reconstitue les relations de parenté entre les taxons.
Phylogramme : en cladistique, c’est un dendrogramme montrant les relations phylogénétiques en terme d’histoire généalogique inférée; l’identité des nœuds (ancêtres) est spécifiée, la connexion des lignes représente le taxon ancestral, et les taxons inclus ne sont pas tous en position terminale.
Plésiomorphe : opposé à apomorphe. Un état de caractère est dit plésiomorphe (ancien) par rapport à un état plus dérivé. C’est une notion relative, pas absolue.
Polyphylétique : se dit d’un groupe composé de taxons n’ayant en commun que des convergences adaptatives. Par exemple, les reptiles marins, car parmi eux on a des représentants fossiles comme les plésiosaures, et des actuels comme la tortue luth, les iguanes des Galápagos, certains serpents de mer, etc. mais leurs origines sont diverses.
Populations : ensemble d’individus vivant ensemble, se reproduisant entre eux et appartenant à la même espèce.
Précambrien : il s'étend depuis la formation de la Terre il y a 4.55 milliards d'années jusqu'à environ 543 MA.
Protéine : succession d’acides aminés, avec une conformation 3D particulière. Les protéines sont fabriquées dans le cytoplasme des eucaryotes (cellules à noyau).
Protobiontes : particules ou gouttelettes microscopiques formées de macromolécules organiques réalisant un métabolisme primaire, dénommées coacervats par Oparine et microsphères par Fox.
Ptéridospermatophytes (Pteridospermes) : ensemble (grade) des "fougères à ovules", correspondant à plusieurs groupes présentant une organisation générale assez proche, comme les Hydraspermales, Lyginopteridales et Médullosales.

Radiations adaptatives : cette notion va de pair avec celle de niche écologique. Quand une niche écologique est libre, les espèces se l’appropriant connaissent généralement une forte et rapide diversification (l’absence de prédateurs, généralement, aidant).
Rhyniophytes : les Rhyniophytes sont les premières plantes terrestres vascularisées. Ce groupe comprend probablement plusieurs lignées très proches. Leurs tiges présentent une structure organisée permettant d’alimenter l’ensemble des cellules en eau et éléments minéraux à partir d’une souche rampante et probablement immergée. Leur épiderme est pourvu d’une cuticule limitant l’évaporation de l’eau, et d’ouvertures (les stomates) permettant les échanges gazeux avec l’atmosphère. Leurs sporanges portés à l’extrémité des tiges libéraient des spores dans l’atmosphère. Apparues à la fin du Silurien (420 Ma), elles disparaissent au Dévonien moyen (380 Ma).

Saltation : évolution soudaine d’un nouveau type d’organisme dérivé, en une génération, à partir d’anciennes formes, sans forme intermédiaire. Ce processus semble impossible du point de vue génétique.
Saltationisme : théorie selon laquelle l’évolution s’effectue exclusivement par saltations successives.
Scénario : hypothèse historique servant à expliquer certains patterns : présence de tels taxons à tels endroits…
Sélection naturelle : La sélection naturelle per se correspond simplement à un tri des individus les plus aptes à survivre ou à se reproduire, quelle que soit la raison pour laquelle ils possèdent une telle aptitude. Pour induire l'évolution d'un trait biologique particulier dans une population sous l'effet de la sélection naturelle, il faut :
- que ce trait biologique varie d'un individu à l'autre,
- que cette variation individuelle soit héritable,
-  et que cette variation soit corrélée à des variations du succès reproducteur ou de la probabilité de survie des individus.
Remarquons que pour Darwin il était aussi nécessaire que les ressources soient limitées, en fait il se trompait : on peut très bien produire de l'évolution par la sélection naturelle dans une population en croissance exponentielle !

Small Shelly Fossils : les Small Shelly Fossils (SSF) constituent une importante composante de faune Cambrienne et de la transition Cambrien-Précambrien et ont une importance particulière pour la biostratigraphie de cette période et la définition même du Système Cambrien. Leurs affinités biologiques restent toutefois mystérieuses. Ce sont typiquement de petits exosquelettes minéralisés d’organismes de taille millimétrique ainsi que d’innombrables petites plaques ou sclérites couvrant partiellement le corps d’animaux plus gros. Les SSF apparaissent environ 10 millions d’années avant les premiers trilobites et apportent la preuve de l'existence de la biominéralisation. Ils sont particulièrement abondants au Tommotien l’étage le plus inférieur du Cambrien, mais sont également fréquents à l’Adtabanien. La grande diversité de ces faunes est bien illustrée par les assemblages (40 genres) de l’Atdabanien de Chine du Sud. Deux groupes sont très communs : les hyolithelminthides (tubes phosphatés ouverts aux deux extrémités), les tommmotiids également phosphatés et en forme de cône. La découverte de certains SSF conservés in-situ (Lagerstätte de Chengjiang et de Sirius Passet au Groenland) a permis de montrer que certains de ces microfossiles sont en fait les éléments d’un exosquelette composite. Par exemple, le lobopode Microdictyon et les halkieriidés.
Snow Ball Earth : la présence de dépôts glaciaires jusque sous les Tropiques, l’orientation du champ magnétique passé ainsi que de nombreuses données géochimiques et sédimentologiques suggèrent que la Terre fût, notamment au cours du Néoprotérozoïque, complètement couverte de glace. En s’accumulant dans l’atmosphère, le CO2 émis par les volcans (et non recyclé par les masses océaniques en grande partie gelées) aurait provoqué un effet de serre exceptionnel et, par conséquent, la fonte des glaces. C’est la théorie de la "Terre Boule de Neige" (Snow Ball Earth). Trois ou quatre événements de ce type se seraient succédé entre 750 et 590 millions d’années.
Sous-espèce : la sous-espèce est le rang taxonomique le plus bas. Les individus restent toujours interféconds, mais se distinguent par des morphologies légèrement différentes. Le statut de sous-espèce s’exprime par un troisième nom associé au nom d’espèce.
Spéciation : phénomène conduisant à l’individualisation d’une nouvelle espèce à part entière, à partir de formes pré-existantes.
Spermaphytes : "plantes à graines". La graine étant définie comme une structure issue de la fécondation de l'ovule et contenant un embryon qui entre en dormance (vie ralentie). Cette acquisition est apparue au moins deux fois au cours de l'évolution et le groupe des Spermaphytes (autrefois Phanérogames) correspond à plusieurs groupes : Coniférales, Gnétales et Angiospermes.

Spermatophytes : ce sont les plantes à ovules, groupe monophylétique comprenant les fougères à ovules, les pré-spermaphytes et les différents groupes de Spermaphytes (plantes à graines). A noter que les termes anglais "seed plants" et "seed fern" doivent être traduits par "plantes à ovules" et "fougères à ovules" et non par "plantes à graines" et "fougères à graines", ce dernier terme étant aberrant.

Sphénophytes : caractérisées par des tiges articulées (constituées d’articles successifs), ces plantes ont des représentants depuis le Dévonien moyen (380 Ma). Les prêles sont les seuls survivants de ce groupe très abondant dans la végétation du Carbonifère au Jurassique supérieur (350 à 150 Ma). Les calamites du Carbonifère, avec leurs importants rhizomes et leurs tiges dressées ligneuses, sont des arbres pouvant atteindre 10 m de haut et poussant en peuplements denses. Les feuilles des Sphénophytes (exemple : Annularia) sont verticillées, c’est-à-dire portées en couronne au niveau des nœuds entre les articles des tiges. Les sporanges sont groupés en strobiles et libèrent des spores portant des appendices allongés appelés élatères.

Stase : épisode évolutif d’un taxon pendant lequel sa morphologie reste inchangée (voir équilibres ponctués).
Stratigraphie : science qui étudie les successions rocheuses. Ces roches sont généralement sédimentaires, mais on peut y trouver des intrusions de magmas. A terme, la stratigraphie retrace l’histoire d’une région.
Synapomorphie [étymologiquement : caractères dérivés partagés] : ensemble de caractères dans leur état dérivé définissant un clade (unité monophylétique).
Sympatrique : se dit d’une spéciation au sein d’une population, sans qu’il n’y ait présence de barrière géographique.
Symplésiomorphie [étymologiquement : caractères primitifs partagés] : ensemble de caractères dans un état plésiomorphe, pouvant servir à définir un taxon. Bien entendu, actuellement, on définit les taxons (sous forme de clades) uniquement sur la base de synapomorphies.
Systématique : science qui hiérarchise les organismes vivants, et essaie de retrouver les relations de parentés entre eux.
Systématique évolutionniste : courant de systématique qui tente à la fois de présenter les relations phylogénétiques et les divergences des êtres vivants entre eux.
Systématique phylogénétique : cette systématique se base sur le principe du cladisme. Elle rejette les groupes non monophylétiques (ou non clades). Seuls les clades peuvent avoir un nom.
Taxon : unité de classement utilisée en systématique. Les taxons sont une espèce, un genre, une famille, un ordre, une classe, etc.
Taxon Lazare : on parle aussi de Lignée Fantôme. Ils correspondent à un manque (on dit aussi un gap) dans l’enregistrement fossile. Une espèce est ainsi présente dans des terrains anciens et récents, mais pas dans les terrains intermédiaires. Il est impossible que cette espèce soit apparue deux fois, donc, cela signifie que les organismes correspondants ne se sont pas fossilisés dans les couches intermédiaires, ou que les fossiles n’ont pas encore été trouvés.
Tectonique des plaques : paradigme en vigueur en géologie. C’est une amélioration de la dérive des continents de Wegener. La lithosphère est divisée en plaques lithosphériques délimitées par des frontières (zones d’accrétions médio-océaniques [naissance de plaque " neuve "], de subductions [destruction d’une plaque passant sous une autre], ou d’obductions [deux plaques en vis-à-vis].
Transformisme : théorie, développée par Lyell au XIXe siècle, selon laquelle les espèces découlent les unes des autres, par de faibles, mais constantes modifications. Celles-ci sont généralement induites par la pression de l’environnement.
Vicariance biogéographique : processus de spéciation allopatrique intervenant quand différentes populations d’une même espèce se retrouvent séparées par des barrières.
Wegener (1880-1930) : météorologiste allemand ayant le premier formulé la théorie de la dérive des continents. Dénigré par tous, il est mort au Groenland, à la recherche de nouvelles preuves pour sa théorie.
 



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