PROSPECTIVE ECOLOGIE CHIMIQUE Focus 6 : Les approches « Omiques » Les approches dites « Omiques» sont des techniques permettant d’étudier si- multanément un grandnombrede gènes, transcrits, protéines ou métabolites sans a priori sur leurs fonctionsbiologiques. Approches Objet d’étude Analyse l’ensemble des Génomique Génome Gènes Transcription Transcriptomique Transcriptome Transcripts Traduction Protéomique Protéome Protéines Biosynthèse Métabolomique Métabolome Métabolites Schématisation des approches « Omiques » et de leurs liens à l’échelle d’un organisme vivant. La Génomiqueestl’étude du matériel génétique codant ou non codant d'unor- ganisme. Lorsqu’on étudiele contenu génétiqued’unéchantillonconstitué de nombreux organismes issus d’un environnement complexe (intestin,océan, sols, etc.) on parle de Metagénomique. Cette approche est notamment utili- sée pour aborder la systématique de microorganismes difficiles à identifier,ou pour comprendre le potenti l fonctionnel d'un environnement. De façon simi- laire, la Transcriptomique,Protéomique,Métabolomi ueestl’anal seet l’iden- tification de l’ensemble des transcrits, protéines, métabolites constituant le Transcriptome, Protéome, Métabolome d’un ou de plusieurs organismes dans un état physiologiqueou un environnement donné. Actuellement, les techniquesinnovantes à haut débit (puces à ADN,séquen- çage massif, génotypageà haut débit) permettent de développer des études deGénomiqueetTranscrptomiqueà moindrecoûtchezlaplupartdesespèces. Un peu de vocabulaire: EST (Expressed Sequence Tag ou marqueur Puce à ADN (DNA microarray): ensemblede de séquence exprimée) : courte portion sé- molécules d'ADN fixées en rangées ordon- quencée d'un ADN complémentaire (ADNc), nées sur une petite surface(verre,siliciumou utiliséecommemarqueurpour différencierles plastique) qui sont utilisées comme sondes gènes entre eux dans une séquence ADN. pour s'apparierà des brins complémentaires d’ADN contenu dans un extrait biologique et SNP (Single-nucleotidepolymorphismou po- ainsirévélerle niveaud'expressiondes gènes lymorphisme nucléotidique) : type de poly- (transcrits) dans une cellule, un tissu, un or- morphisme de l'ADN pour lequel au moins gane ou un organisme. deux chromosomes diffèrent par une seule paire de bases. Un SNP peut être détecté RNA-Seq (RNA sequencing) : technique de entre individusou entre chromosomeshomo- séquençagedu transcriptomeentierd’unees- logues au sein d'un seul individu. pèce qui permet l’identification et l’analyse des profils d’expression de l’ensemble des RAD (Restriction-site associated DNA) : transcrits d’un tissu, organe ou organisme court fragmentd'ADN adjacentà un site d'en- donné. Cette technique est particulièrement zyme de restriction déterminé. L'utilisation efficacepour les espècesnon modèles(c’est des marqueurs RAD permet d'analyser le po- à dire sans génome de référence). lymorphismedes individus. 20
INEE Prospective ecologie chimique
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