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En direct des laboratoires

 

2 mars 2018

Preuve de sélection adaptative chez l’humain au cours du dernier millénaire

 

L’espèce humaine continue-t-elle d’évoluer ? S’il est admis que les forces évolutives ont façonné le génome humain et ont influencé de façon majeure la physiologie et les pathologies actuelles de notre espèce, l’existence de pressions de sélection influençant actuellement le génome humain est beaucoup plus contestée. Dans un article publié dans Nature Communications, une équipe composée notamment de chercheur.e.s toulousain.e.s du laboratoire d’Anthropologie moléculaire et imagerie de synthèse (AMIS, CNRS/Université Toulouse III – Paul Sabatier) a montré comment les forces évolutives ont modelé le génome des populations malgaches au cours des derniers siècles.

 

 Steppe arborée, entre Antananarivo et Mahajanga, Madagascar. © René BALLY/CNRS Photothèque

 

Pour cette étude les scientifiques se sont intéressés aux populations de Madagascar (admixture récente) et ontidentifié une sélection adaptative extraordinairement forte qui a eu lieu au cours du dernier millénaire et qui a touché tout le pays (environ 25 millions d'individus). Après avoir analysé les données pangénomiques (par l’utilisation de puces de génotypage haute densité) de 700 individus échantillonnés dans 257 villages répartis à travers le pays, les chercheur.e.s ont constaté que les populations malgaches ont en moyenne 38% d'ascendance asiatique et 62% d'ascendance africaine. Cependant, une large région (centrée autour de 1q23) englobant environ 25% du chromosome 1 (couvrant environ 1300 gènes) conserve significativement plus d'ascendance africaine que la moyenne générale du génome (jusqu'à un maximum de 92%). L'histoire démographique ne peut à elle seule expliquer cette énorme déviation. En effet, le coefficient de sélection estimé nécessaire pour produire ce signal est de l'ordre de 0,2, ce qui en fait l'un des plus forts signaux de sélection chez l'Homme, ainsi que l'un des plus récents.

 

Parmi les 1300 gènes impactés, les analyses pour identifier la cause d'une telle sélection suggèrent que les porteurs de l’allèle africain auraient été avantagés (durée de vies plus longue et plus de descendances) car ils étaient immunisés au paludisme vivax. Ainsi, grâce à cet avantage, l’allèle africain résistant au paludisme (l'allèle nul Duffy) s’est peu à peu propagé au sein de la population malgache. Néanmoins, de nombreux autres phénotypes biomédicaux sont potentiellement affectés par cette sélection, car les gènes dans la région sélectionnée influencent le nombre de globules blancs, les taux d'IgE et le niveau de protéine C-réactive (un biomarqueur de l'inflammation). Ainsi, ces résultats sont d'un grand intérêt pour la communauté médicale car ils permettent de mieux comprendre pourquoi certaines populations présentent des maladies et des nouveaux biomarqueurs différents d’autres populations.

 

Figure 1 : pourcentage moyen d’ascendance asiatique sur le génome malgache.

 

Figure 2 : répartition géographique de l’héritage africain génomique à travers Madagascar

 

Référence :

Strong selection during the last millennium for African ancestry in the admixed population of Madagascar.  Nature communication, sous presse. Denis Pierron, Margit Heiske, Harilanto Razafindrazaka, Veronica Pereda-loth, Jazmin Sanchez, Omar Alva, Amal Arachiche, Anne Boland, Robert Olaso, Jean-Francois Deleuze, Francois-Xavier Ricaut, Jean-Aimé Rakotoarisoa, Chantal Radimilahy, Mark Stoneking, Thierry Letellier


Contacts chercheurs :

Denis PIERRON - Laboratoire d´Anthropobiologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse - AMIS (CNRS / Université Toulouse Paul Sabatier / Université Parsi Descartes) - denis.pierron@cnrs.fr


Thierry LETELLIER - Laboratoire d´Anthropobiologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse - AMIS (CNRS / Université Toulouse Paul Sabatier / Université Parsi Descartes) - theirry.letellier@u-bordeaux2.fr

 

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