Le génome des mammifères porte les traces de leur passé insectivore du temps des dinosaures

Ils ont ainsi étudié l’évolution d’un gène connu sous le nom de CHIA, qui produit une chitinase, une enzyme capable de décomposer les exosquelettes riches en chitine caractéristiques des insectes. En analysant les génomes de 107 espèces de mammifères placentaires, ils ont découvert à leur grande surprise non pas un seul gène CHIA, mais cinq ! Ainsi, les espèces insectivores comme les tarsiers, les toupayes, l’oryctérope et certains tatous possèdent cinq gènes de chitinase qui sont tous fonctionnels. Cependant, chez les espèces carnivores et les herbivores, la plupart de ces gènes ont perdu leur fonction de dégradation de la chitine et se retrouvent sous forme de pseudogènes qui représentent autant de «fossiles moléculaires» témoignant de leur fonction passée. Les chercheurs ont mis en évidence une corrélation entre le nombre de chitinases fonctionnelles dans le génome et le pourcentage d’invertébrés dans le régime alimentaire des espèces actuelles de placentaires. Ces résultats suggèrent fortement que les premiers mammifères placentaires, qui ont vécu au cours des 35 dernières millions d'années du Crétacé (l'ère des dinosaures), avaient cinq gènes de chitinase fonctionnels. Ceci corrobore donc les travaux sur les fossiles, qui ont montré que les espèces de mammifères qui ont côtoyé les dinosaures avaient des caractéristiques, telles que des dents à cuspides pointues, qui sont compatibles avec un régime essentiellement insectivore.

Cette nouvelle étude de génomique comparative fournit également la preuve que certaines lignées de mammifères carnivores et herbivores ont commencé à perdre leurs gènes de chitinase juste après l'extinction des grands dinosaures qui occupaient les mêmes niches alimentaires. En effet, l’étude détaillée de l’apparition des mutations qui on rendu ces gènes non-fonctionnels montre que les pertes de fonction ont eu lieu très tôt dans l’histoire évolutive de nombreux groupes de placentaires, suggérant ainsi que de nombreuses espèces actuelles ont hérité ces pseudogènes à partir d’un ancêtre commun. Par exemple, dans les génomes des carnivores étudiés (tigre, lycaon, ours polaire, morse et furet), quatre des cinq gènes de chitinase sont non fonctionnels et présentent les mêmes mutations inactivatrices. De même, chez les herbivores, les génomes du rhinocéros blanc et de l'âne présentent des pseudogènes de CHIA avec des mutations inactivatrices identiques sur quatre des cinq gènes. Les patrons d’inactivation et la datation de ces pertes de gènes de chitinase étayent davantage les conclusions tirées du registre fossile, à savoir que de nombreux mammifères ont commencé à passer d'un régime riche en insectes à celui dominé par la viande ou les végétaux, suite à l'extinction des dinosaures.

Cette étude n’est pas la première à révéler des preuves de la présence de pseudogènes de chitinase chez les mammifères. Nous savions en effet déjà que le génome humain comporte un gène de chitinase fonctionnel et trois pseudogènes CHIA non fonctionnels. Cependant, en regardant plus largement à travers les mammifères placentaires, ces nouveaux résultats démontrent que nous, humains, ainsi que des animaux aussi divers que les paresseux, les rhinocéros, les dauphins, les éléphants, les tigres et les girafes, conservons dans notre génome des «fossiles moléculaires» hérités d'une époque où nos lointains ancêtres vivaient à l'ombre des dinosaures, se déplaçant sur le sol et dans les arbres à la recherche d'insectes.

Référence :

Chitinase (CHIA) genes provide genomic footprints of a post-Cretaceous dietary radiation in plancetal mammals, Christopher A. Emerling, Frédéric Delsuc et Michael W. Nachman. Science Advances, 16 mai 2018. DOI : 10.1126/sciadv.aar6478