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27 novembre 2012
Des codes-barres génétiques pour sortir les protistes de l’ombre
Ils sont partout mais peu de gens les connaissent. Les protistes sont ces organismes unicellulaires qui, comme les plantes ou les animaux auxquels ils ont donné naissance, renferment leur matériel génétique dans un noyau contenu dans la cellule. Pour faire la lumière sur ce pan de la biodiversité, un consortium international s’est lancé dans une vaste entreprise de classification des protistes à l’aide des techniques de séquençage ADN haut-débit. Cette étude implique le laboratoire Adaptation et diversité en milieu marin (CNRS/UPMC).
Petit aperçu de la diversité des protistes présents dans le plancton océanique. Seules 75.000 espèces de protistes ont été décrites à ce jour. Il en existerait plusieurs dizaines de millions… © Colomban de Vargas, station biologique de Roscoff, EPEP
Quel point commun y a-t-il entre les pyramides d’Egypte, les falaises d’Etretat et la malaria ? Toutes sont générées par des êtres unicellulaires appartenant au règne largement méconnu des protistes. Ces organismes, dont la taille varie de 1 micron à quelques centimètres, sont apparus il y a plus de 800 millions d’années sur notre planète, bien avant les animaux et les plantes auxquels ils ont donné naissance… et avec lesquels ils partagent la particularité de posséder un noyau à l’intérieur de la cellule (on parle d’« eucaryotes »). Les protistes sont à l’origine d’immenses gisements de matière – comme la craie des falaises de Normandie ou les réserves de pétrole - et produisent via le plancton des océans la moitié de l’oxygène que nous respirons. Et pourtant… « A ce jour, on a décrit 75.000 espèces de protistes à peine, alors que l’on soupçonne qu’il y en existe des dizaines de millions » indique Colomban de Vargas, directeur de recherche à la station biologique de Roscoff.
Pour mettre en lumière ce pan immense de la biodiversité, 24 équipes de chercheurs à travers le monde viennent de lancer un programme de classification des protistes sous l’égide du « Consortium for the barcoding of life », cet organisme créé au début des années 2000 pour recenser la biodiversité terrestre. L’idée : utiliser les méthodes de séquençage et d’imagerie à haut-débit pour caractériser ces organismes et mettre sur pied une immense bibliothèque en ligne. « Un ou plusieurs marqueurs génétiques spécifiques sont utilisés pour identifier chaque espèce de protiste. Ce sont les fameux “codes-barres génétiques” », explique Colomban de Vargas, qui a lancé ce projet avec Jan Pawlowski de la Faculté des sciences de l’université de Genève. Objectif de la base de données : associer à chaque signature génétique un nom et une image. Vingt années devraient être nécessaires pour venir à bout de ce recensement.
Référence
“CBOL protist working group: barcoding eukaryotic richness beyond the animal, plant, and fungal kingdoms”, publié dans PLOS One du 6 novembre 2012 par Jan Pawlowski, Stéphane Audic, Sina Adl, David Bass, Lassaâd Belbahri, Cédric Berney, Samuel S. Bowser, Ivan Cepicka, Johan Decelle, Micah Dunthorn, Anna Maria Fiore-Donno, Gillian H. Gile, Maria Holzmann, Regine Jahn, Miloslav Jirku, Patrick J. Keeling, Martin Kostka, Alexander Kudryavtsev, Enrique Lara, Julius Lukes, David G. Mann, Edward A. D. Mitchell, Frank Nitsche, Maria Romeralo, Gary W. Saunders, Alastair G. B. Simpson, Alexey V. Smirnov, John L. Spouge, Rowena F. Stern, Thorsten Stoeck, Jonas Zimmermann, David Schindel et Colomban de Vargas.
En savoir plus : Conférence TEDx par C. de Vargas sur l'importance écologique globale des protistes, donnée à Rio+20.
Contact chercheur
Colomban de Vargas, Directeur de recherche au CNRS, Station biologique de Roscoff, Laboratoire Adaptation et diversité en milieu marin - UMR7144 - Place Georges Teissier, BP 74, 29682 ROSCOFF CEDEX
Tel. : 02 98 29 25 28, Email : vargas@sb-roscoff.fr
Contact communication
Marielle Guichoux, Chargée de communication, Station bilogique de Roscoff - guichoux@sb-roscoff.fr
