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29 novembre 2012

Le séquençage haut-débit au secours de l’éléphant de Bornéo

 

L’éléphant de Bornéo est l’espèce d’éléphants asiatiques la plus menacée, avec 2000 individus à peine répartis dans le nord de l’île. En utilisant en parallèle deux techniques de séquençage haut-débit, des chercheurs du laboratoire Evolution et diversité biologique (CNRS/Université Toulouse3/ENFA) ont pu effectuer une des premières analyses de génome complet d’une espèce en danger. Une aide précieuse pour de futures opérations de conservation.

 

 

A l’exception des espèces « modèles » telles que le rat, la mouche drosophile ou bien entendu, l’homme, peu d’espèces animales font l’objet d’analyses de génome entier. Pour des questions de coût et de faisabilité technique : au-delà d’une certaine taille de génome, les machines saturent. Jusqu’à présent, les généticiens des populations décryptaient l’ADN « à la main », afin d’en tirer des marqueurs génétiques spécifiques à chaque espèce. Problème : l’échantillonnage ne permet pas d’appréhender la diversité génétique, généralement faible, des populations menacées. Grâce à une étude menée sur l’éléphant de Bornéo, des chercheurs viennent de montrer que les techniques les plus récentes de séquençage donnent accès à des milliers de marqueurs.

Pour ce faire, ils ont appliqué deux techniques de séquençage haut-débit à des échantillons de sang prélevés sur huit éléphants. « La première consiste à lire en entier les génomes de manière aléatoire, explique Lounes Chikhi, chercheur au laboratoire Evolution et diversité biologique de Toulouse. La deuxième consiste à ne lire qu’une partie des génomes, en utilisant des enzymes qui coupent l’ADN à des endroits spécifiques, toujours les mêmes. » Conclusion des chercheurs : les deux techniques permettent d’identifier des milliers de marqueurs. « Nous en avons validé 200 lors de notre étude, alors qu’aucun marqueur n’existait pour cette sous-espèce et qu’une demi-douzaine à peine validés sur d’autres sous-espèces avaient pu être testés. »

Munis de ce véritable catalogue et d’échantillons d’ADN glanés sur le terrain (déjections, etc), les chercheurs vont étudier plus finement les populations fragmentées de l’éléphant de Bornéo et engager des politiques de conservation ciblées. « Si une population semble menacée par la consanguinité, on peut envisager d’introduire un individu d’un autre groupe afin d’augmenter la diversité génétique » indique notamment Lounes Chikhi.

 

Avoir accès au génome complet de l’éléphant de Bornéo devrait permettre de mieux le protéger © Rudi Delvaux / DGFC

 

Référence

“Two different high throughput sequencing approaches identify thousands of de novo genomic markers for the genetically depleted Bornean elephant”, publié dans PLOS One online le 21 novembre 2012 par Reeta Sharma, Benoit Goossens, Célia Kun-Rodrigues, Tatiana Teixeira, Nurzhafarina Othman, Jason Q. Boone , Nathaniel K. Jue, Craig Obergfell, Rachel J. O'Neill et Lounes Chikhi.

 

Contact chercheur

Lounes Chikhi, Evolution et diversité biologique (EDB), Tel. 05 61 55 67 54, E-mail : lounes.chikhi@univ-tlse3.fr

 

Contact communication

Carine Desaulty, service communication de la Délégation Midi-Pyrénées, Carine.Desaulty@dr14.cnrs.fr, com@dr14.cnrs.fr