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Réseaux thématiques pluridisciplinaires (RTP)

RTP Génomique environnementale

 

Présentation

Institut de rattachement : Institut écologie et environnement (INEE)

Coordinatrice : Dominique Joly - Chargée de mission INEE

Responsable : Denis Faure - Centre de Recherche de Gif-sur-Yvette

 

Objectifs du RTP Génomique Environnementale

Les objectifs de ce RTP sont à la fois d’identifier une communauté scientifique afin d’améliorer sa visibilité et soutenir ses propositions dans une perspective de programmation de la recherche, mais aussi de favoriser les échanges de savoirs et savoir-faire au sein de cette communauté.

 

Contexte de création du" RTP Génomique environnementale"

Les nouvelles technologies de séquençage (NTS) de l’ADN génomique ou de l’ADNc dérivé de l’ARN permettent un niveau de production de séquences nucléotidiques encore inimaginable il y a quelques années. Les NTS vont profondément et durablement changer les stratégies expérimentales d’étude de l’évolution, de la biodiversité et du fonctionnement des écosystèmes et systèmes biologiques complexes. Ces NTS concernent tous les domaines du vivant, Archées, Eucaryotes, et Bactéries, ainsi que les virus ; elles permettront d’accéder à des groupes taxinomiques encore inconnus. Les différents niveaux d’approche, population, communauté et écosystème sont concernés. Les NTS impliquent une intensification des échanges de connaissances, de techniques et données informatisées entre les chercheurs traitant ces différents niveaux d’organisation du vivant.

Encore émergeantes et en constante évolution, les NTS doivent être dès à présent domestiquées par les laboratoires traitant des thématiques environnementales afin de maintenir et développer leur compétitivité nationale et internationale, leur expertise dans les domaines de la biodiversité (exemple IPBES) et de l’évaluation des impacts environnementaux (exemple REACH), ainsi que des propositions d’applications potentielles comme l’ingénierie écologique, la modélisation prédictive ou le suivi de la qualité des écosystèmes et agrosystèmes. Les NTS génèrent déjà et continueront de générer de gigantesques quantités de données qu’il faudra stocker, transférer et analyser afin d’en extraire les informations pertinentes.

Répondre à ces défis dans un contexte international compétitif demande de pouvoir partager les savoirs et savoir-faire des NTS au sein d’une communauté scientifique nationale identifiée. Il s’agit là d’un des premiers besoins identifiés par l’atelier de réflexion organisé conjointement par l’INEE et l’INRA en septembre 2010 à Chizé. Afin que cette communauté en émergence puisse avoir accès aux meilleurs outils de production et d’analyse des données générées par les NTS, elle devra améliorer sa visibilité, préciser ses demandes, voire proposer de nouveaux outils et approches expérimentales dans une démarche interdisciplinaire associant écologie, évolution, biologie et génétique des organismes, NTS, statistique et informatique appliquées.

 

Structuration

Le RTP est animé par un bureau, et soutenu par les propositions d’un Comité Scientifique.

Dominique JOLY , 01 69 82 37 34 - 01 44 96 47 95

Denis FAURE , 01 69 82 35 77

Pierre PEYRET, 04 73 40 51 39

François POMPANON, 04 76 63 56 99

Pascal SIMONET, 04 72 18 60 92

 

Formulaire de déclaration d’intérêt 

Utilisez le formulaire téléchargeable pour être informé(e) des actions prochaines du RTP, et préciser vos attentes dans le domaine de la génomique environnementale.

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Actualités

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Activités

 

3e Colloque de Génomique Environnementale : 26–28 Octobre 2015 – Montpellier

Ce colloque s'adresse aux communautés scientifiques nationale et internationale développant des recherches en écologie, évolution et systématique et qui souhaitent utiliser ou faire partager leurs expériences sur l’utilisation des nouvelles technologies de séquençage et les développements analytiques ou bioinformatiques afférents. Le colloque se veut être un lieu d’échanges scientifiques et de partage d’expériences techniques ou analytiques facilitant ainsi la maîtrise de ces nouveaux outils et favorisant leur diffusion et leur développement. 

Ce colloque sera structuré autour de 5 sessions et fera intervenir les conférenciers invités suivants :
-  Louis Bernatchez (Université de Laval, Canada. Génomique des populations)
-  Juliette De Meaux (Universté de Münster, Allemagne. Génétique adaptative)
-  Laure Guillou (Station Biologique de Roscoff. Diversité des micro-eucaryotes)
-  Ludovic Orlando (Université de Copenhague, Danemark. Paléomique)
-  Hervé Philippe (CBTM Station d'Ecologie Expérimentale, Moulis. Phylogénomique)

 

Des sessions analytiques et méthodologiques (en parallèle) seront également proposées aux participants afin de favoriser le partage d’expériences et d’échanger sur les avantages et les problèmes inhérents à ces approches. 

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Prospective Génomique environnementale

L’Institut écologie et environnement du CNRS (INEE) a le plaisir de vous annoncer la sortie de sa 3e Prospective de l’année 2013 consacrée à la Génomique environnementale.

Elle vient compléter la série des 6 précédentes prospectives publiées depuis 2009.

Consulter la Prospective Génomique environnementale (pdf)

Consulter les autres prospectives de l’INEE

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Archives

 

Workshop "Bioinformatique pour la Génomique Environnementale

Le workshop Bioinformatique pour la Génomique Environnementale, organisé sous l'égide du Réseau Thématique Pluridisciplinaire en Génomique Environnementale (RTP-GE), se déroulera à Lyon (France) les 27 et 28 mai 2014. Ce workshop vise à rassembler des chercheurs de différents domaines qui utilisent (ou sont désireux d'utiliser) les nouvelles technologies de séquençage ainsi que les développements les plus récents en bioinformatique, ceci dans le but d'étudier des questions relatives à l'écologie, l'évolution, la biodiversité, la systématique ainsi que la génomique des populations.

Les thématiques abordées par ce workshop sont les suivantes :

  • Traitement des données de séquences.
  • Phylogénie et classification.
  • Estimation de la biodiversité.
  • Diversité génomique et analyse de variants.
  • Métagénomique et métatranscriptomique.
  • Génomique des populations.
  • Reconstruction de génome.
  • Reconstruction métabolique.
  • Modélisation.

Chacune de ces thématiques pourra faire l’objet d’une session à part entière, ceci en fonction du nombre de contributions correspondantes reçues. Trente (30) contributions orales et 100 contributions affichées seront retenues.

Nous vous invitons à vous inscrire et à soumettre un résumé pour une communication orale ou affichée. Les procédures relatives à l'inscription et à la soumission de résumés sont détaillées dans la section Informations pratiques du site. Notez que la langue officielle du workshop est l'anglais. La date de cloture des soumissions est fixée au vendredi 18 avril et la date limite pour les inscriptions est fixée au dimanche 27 avril. Compte-tenu des capacités d'accueil limitées à 450 personnes, nous nous réservons le droit de refuser les inscriptions au delà de ce seuil. Les frais d’inscriptions s’élèvent à 60€ TTC et incluent les déjeuners, pauses café et le cocktail dînatoire du 27 mai.

Pour le Comité Scientifique du RTP-GE et le Comité de Programme : Guy Perrière

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Appel à contributions pour numéro spécial Genetica 2014

Le RTP-Génomique Environnementale propose à l'ensemble des contributeurs des actions du RTP-GE (porteurs de projets APEGE 2012 et 2013, Bibiothèque du Vivant, participants au colloque Génomique Environnementale Lyon 2011, ETEGE 2012 et Rennes 2013, ainsi qu'aux contributeurs de la Prospective) de contribuer à un numéro spécial publié dans la revue Genetica sous la forme d’articles originaux, commentaires ou de revues.

Les soumissions doivent suivre les recommandations de Genetica et être effectuées en ligne. Elles seront soumises à une évaluation par les pairs. Les soumissions doivent impérativement être indiquer qu’elles inscrivent dans « special issue S.I. : Biodiversity, Taxonomy, Evolution ».

Afin d'assurer que le processus de soumission se déroule parfaitement, merci de transmettre, avant soumission de votre manuscrit, un titre, liste d’auteurs et résumé par e-mail à Dominique Joly et Denis Faure.

Soumission avant le 30 avril 2014.

Liste des projets retenus

 

Appel à projets Omiques Environnementales 2014 – ENVIROMICS

Pour favoriser l’émergence d’approches pluridisciplinaires pour l’étude des objets et questions relevant des omiques environnementales, le défi ENVIROMICS du CNRS lance un appel à manifestations d’intérêt.

La date limite de dépôt des lettres d’intention est fixée au 20 janvier 2014 à minuit.

En savoir plus

Texte de l'appel à manifestations d'intérêt 

Liste des projets retenus

 

Colloque de Génomique Environnementale, du 4 au 6 novembre 2013 à Rennes

Ce colloque pluridisciplinaire sera ouvert aux thématiques relevant de l’écologie, de l’évolution, de la biodiversité et du fonctionnement des organismes, populations et communautés et s’appuiera principalement sur les nouvelles technologies de séquençages (NTS) et les développements récents en bioinformatique. Il sera l’occasion d’une restitution des projets Bibliothèque du Vivant et APEGE 2012. Ce colloque se veut également un forum de réflexions, de discussions et d’échanges scientifiques et techniques en génomique environnementale.

Colloque de Génomique Environnementale Rennes 4-6/11/2013

Première circulaire : Annonce du Colloque de Génomique Environnementale Rennes 2013

 

Appel à projets En Génomique Environnementale (APEGE) - InEE - Année 2013

 

Liste des projets retenus

Télécharger la maquette du rapport d'activité, date limite : 30 avril 2014

Télécharger le formulaire

 

L’Institut Ecologie et Environnement (INEE) du CNRS lance un appel à projets en Génomique Environnementale (APEGE) avec le concours du Réseau Thématique Pluridisciplinaire Génomique Environnementale. Cet appel à projets a pour objectif de favoriser les recherches liées aux nouvelles technologies de séquençage dans une perspective de compréhension intégrée de la complexité et de la dynamique des systèmes biologiques et des écosystèmes.

Il s'agit de soutenir l'utilisation des approches de séquen&c#edilagd à haut débit (génomique / transcriptomique / métagénomique / métatranscriptomique / barcode) dans les domaines de l'écologie fonctionnelle et des interactions entre organismes, de l'écologie et de la biodiversité des communautés, de la dynamique et de l'évolution des interactions passées et présentes. A ce titre l’appel à projets concerne également les questions de paléogénomique et d'ADN ancien. Tous les objets biologiques sont éligibles (archées, virus, procaryotes, eucaryotes) ainsi que tous les environnements (marins, littoraux, continentaux, tempérés, tropicaux et polaires, etc.).

 

Les projets doivent avoir pour objectif de répondre à une question biologique clairement identifiée, issue des domaines suivants :

  • Biodiversité
  • Adaptation
  • Ecologie fonctionnelle
  • Paléogénomique
  • Outils d'analyse bioinformatique / biostatistique / mathématique

 

Le porteur ou le co-porteur du projet devra impérativement appartenir à une unité ayant l'INEE pour Institut principal de rattachement. Le partenaire INEE devra gérer la totalité des crédits du projet même si plusieurs partenaires sont impliqués. La mise en place des crédits des projets acceptés sera effectuée fin mars 2013 et leur consommation devra respecter la contrainte annuelle de dépense des crédits d'Etat. La demande budgétaire ne devra pas excéder 13k€ et les crédits devront être dépensés en totalité avant la fin de l’exercice budgétaire 2013. Les demandes liées aux gros équipements, aux dépenses de personnels (compris gratifications), à la participation aux colloques et aux frais de publication ne sont pas éligibles.

Les projets seront sélectionnés par la direction de l'INEE sur proposition du conseil scientifique du RTP Génomique Environnementale. Les membres du conseil scientifique ne pourront être ni porteurs ni co-porteurs d'un projet. Un rapport scientifique et budgétaire sera demandé début 2014 et évalué par le conseil scientifique du RTP.

La date limite de remise des propositions est fixée au 14 février 2013 inclus et devra respecter le format indiqué dans le formulaire (document joint) en trois pages maximum (Arial 11, interligne simple).
Les propositions devront être envoyées à l'adresse suivante : INEE.APEGE2013@CNRS.FR

 

Contact : Isabelle Poulain - INEE-CNRS 3 rue Michel-Ange 75794 Paris cedex

Mel : INEE.APEGE2013@CNRS.FR

 

Appel à projets En Génomique Environnementale (APEGE) - InEE - Année 2012

Liste des projets retenus

 

L’Institut Ecologie et Environnement (INEE) du CNRS a lance un appel à projets en Génomique Environnementale (APEGE) avec le concours du Réseau Thématique Pluridisciplinaire Génomique Environnementale.

Cet appel à projets a pour objectif de favoriser les recherches liées aux nouvelles technologies de séquençage dans une perspective de compréhension intégrée de la complexité et de la dynamique des systèmes biologiques et des écosystèmes.

Il s'agit de soutenir l'utilisation des approches de séquençage à haut débit (génomique / transcriptomique / métagénomique / métatranscriptomique / barcode) dans les domaines de l'écologie fonctionnelle et des interactions entre organismes, de l'écologie et de la biodiversité des communautés, de la dynamique et de l'évolution des interactions passées et présentes. A ce titre l’appel à projets concerne également les questions de paléogénomique et d'ADN ancien. Tous les objets biologiques sont éligibles (archées, virus, procaryotes, eucaryotes) ainsi que tous les environnements (marins, littoraux, continentaux, tempérés, tropicaux et polaires, etc.).

Les projets doivent avoir pour objectif de répondre à une question biologique clairement identifiée, issue des domaines suivants :

  • Biodiversité
  • Adaptation
  • Ecologie fonctionnelle
  • Paléogénomique
  • Outils d'analyse bioinformatique / biostatistique / mathématique

Le porteur du projet devra impérativement appartenir à une unité ayant l'INEE pour Institut principal de rattachement et devra gérer la totalité des crédits du projet même si plusieurs partenaires sont impliqués. La mise en place des crédits des projets acceptés sera effectuée mi avril 2012 au plus tard et leur consommation devra respecter la contrainte annuelle de dépense des crédits d'Etat. La demande budgétaire ne devra pas excéder 20 k€ et les crédits devront être dépensés en totalité avant le 31 décembre 2012. Les demandes liées aux gros équipements, à la participation aux colloques et aux frais de publication ne sont pas éligibles.

Les projets seront examinés par la direction de l'INEE assistée du conseil scientifique du RTP Génomique Environnementale et de personnalités en paléogénomique. Les membres du conseil scientifique ne pourront être porteurs d'un projet. Un rapport scientifique et budgétaire sera demandé début 2013 et évalué par le conseil scientifique du RTP.

 

La date limite de remise des propositions était fixée au 11 mars 2012 inclus.

Contact : Coralie Botton - INEE-CNRS 3 rue Michel-Ange 75794 Paris cedex

Mel : APEGE_INEE-2012 - at - cnrs-dir.fr

 

Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale (ETEGE) - 2012

Le RTP génomique environnementale de l’InEE-CNRS a organisé avec le soutien de l’INRA une Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale (ETEGE) au Centre CNRS Paul-Langevin à Aussois (73 500) du 23 au 27 Avril 2012. L’ETEGE avait vocation de réunir et faire interagir des ingénieurs, chercheurs, post-doctorants et doctorants investis dans la (méta)génomique environnementale sur des thématiques relevant de la biodiversité, l’évolution et l’écologie fonctionnelle d’organismes eucaryotes et microbiens issus de tous environnements. L’ETEGE était organisé en 7 sessions thématiques et 4 tables rondes avec la participation de 18 intervenants.

Programme

 

Communications orales Posters

 

Bilan de l'Ecole Thématique Expert Génomique Environnementale (ETEGE)

 

Outre les intervenants invités et les organisateurs, le nombre de places réservé aux participants était strictement limité à 40. Les personnes souhaitant s’inscrire à l’ETEGE devaient obligatoirement remplir une demande d’inscription (formulaire). Ce fichier de demande d’inscription devait être renommé avec le nom-prénom du demandeur et envoyé à l’adresse suivante ge2012aussois - at - isv.cnrs-gif.fr au plus tard le vendredi 17 février 2012. Le comité d’organisation de l’ETEGE a sélectionné les participants fin février 2012.

 

Grâce aux soutiens exceptionnels de l'InEE-CNRS et de l'INRA tous les frais d'inscription et d'hébergement en pension complète du lundi soir au vendredi midi ont été pris en charge par l'ETEGE. Seuls les frais de transport (aller-retour) jusqu'à Aussois étaient à la charge des participants.

 

Colloque Génomique Environnementale Lyon 2011

Le colloque a été organisé conjointement par les réseaux thématiques Génomique Environnementale (RTP GE, INEE) et Ecologie Microbienne (EcoMic, INRA), et a eu lieu à l'Ecole Centrale de Lyon à Ecully (http://www.ec-lyon.fr/). D’origines géographiques et institutionnelles variées (acteurs publics et entreprises privées), les 240 participants ont présenté leurs travaux et dialogué lors de 4 demi-journées du 28 au 30 novembre 2011.

Pour le RTP GE, ce colloque a permis d’identifier les acteurs scientifiques en GE, de stimuler les échanges scientifiques et techniques, ainsi que de recueillir les propositions et attentes des communautés scientifiques concernées par la GE. Pour le réseau EcoMic, il a permis de faire le point sur les NTS dans les thématiques d'écologie microbienne. Ce colloque a été l'occasion de faire un état des avancées sur les NTS, de discuter des prospectives associées et des projets émergents dans les différents champs thématiques de la Génomique environnementale que sont l’Evolution, la Biodiversité, et l’Ecologie fonctionnelle.

Programme définitif du colloque, liste des participants, et résumés des communications orales et affichées

Présentations orales :

 

septembre 2012
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