Résultats PEPS 2012

PEPS Bio-Maths-Info (BMI)

Résultats PEPS BMI 2012

Projet Space-time dynamics of tumor cell pH - Porteur : Mederic Argentina
Projet Réalité virtuelle et simulations interactives pour explorer la dynamique de grands assemblages bio-macromoléculaires - Porteur : Marc Baaden
Projet Reconstruction tomographique d’objets déformables pour la cryo-microscopie électronique - Porteur : Etienne Baudrier
Projet Lecture en temps-réel de variables cognitives : une étude multi-échelle - Porteur : Suliann Ben Hamed
Projet Approche multi-échelle de la dynamique de régulation des gènes mécanosensibles chez les cellules souches végétales - Porteur : Arezki Boudaoud
Projet Algorithmes proximaux pour la microscopie par illumination structurée - Porteur : Jérôme Boulanger
Projet Computational and neurophysiological bases of goal-directed and habit learning - Porteur : Andrea Brovelli
Projet MATH (Modelling adult tissue homeostasis) - Porteur : Louis Casteilla
Projet Modeling Large Protein Assemblies with toleranced models - Porteur : Frederic Cazals
Projet Génomique des populations, histoire démographique et inférence statistique : application à des espèces menacées - Porteur : Lounes Chikhi
Projet Computational potential and capacity of sublinear dendrites - Porteur : David Di Gregorio
Projet MOLoSSE : ModeLisation statistique de la dépendance dans les études d’association génétiques à l’échelle du génome (GWAS) - Porteur : Mathieu Emily
Projet Coévolution hôte-pathogène : des processus cellulaires aux modèles macroscopiques de la variation intra- et inter-populationnelle de la résistance - Porteur : Regis Ferriere
Projet TopoSheep : Topologie des interactions et changement d’échelles dans le déplacement collectif animal - Porteur : Jacques Gautrais
Projet Experimentally Supervised Machine Learning of Gene Regulatory Networks in Arabidopsis - Porteur : Gabriel Krouk
Projet Error aware event mining in biological sequences - Porteur : Nicolas Lachiche
Projet Barcoding de nouvelle génération - Porteur : Claire Lemaitre
Projet NeuroConf : Formalisation et Simulation pour la Reconstitution de Configurations Neuronales Biologiquement Plausibles - Porteur : Matthieu Lerasle
Projet Identification par génomique comparée à grande échelle des capacités métaboliques des champignons impliqués dans la transformation de la biomasse d’origine végétale - Porteur : Olivier Lespinet
Projet Bioinformatics and quantitative models of in vivo myogenesis - Porteur : Pascal Maire
Projet Modélisation Adhésion de Cadhérines - Porteur : Simona Mancini
Projet 3D registration of embryonic hearts for polarity analysis - Porteur : Sigolène Meilhac
Projet Méthodes de réduction de modèle pour la biologie des systèmes - Porteur : Ovidiu Radulescu
Projet Estimation de graphes de dépendance entre neurones thalamiques et cortico-thalamiques via des modèles de Hawkes multivariés - Porteur : Patricia Reynaud-Bouret
Projet Computational algorithms for biomolecular structure determination by cry-electron microscopy - Porteur : David Ritchie
Projet mOdélisation et oPTimisation de l’Irradiance dans les tissus biologiQUEs hétérogènes traités par Thérapie PhotoDynamique interstitielle - Porteur : Magalie Thomassin
Projet Etude comparative de l’architecture du génome mitochondrial chez les Caryophyllacées et les Poacées - Porteur : Jean-Stéphane Varre
Projet Reconnaissance automatique de la spécialisation hémisphérique cérébrale pour le langage à l’aide de l’algorithme des forêts aléatoires : Relations avec la latéralisation des réseaux neuraux du calcul mental complexe - Porteur : Laure Zago

Appel à propositions PEPS BMI 2012-2013

Le CNRS (la Mission pour l’Interdisciplinarité, l’INSB, l’INSMI, l’INS2I), l’Inserm et Inria lancent un appel à projets commun pour favoriser les recherches à l’interface entre biologie, mathématiques et informatique. Il s’agit des Projets Exploratoires Pluridisciplinaires (PEPS).

Le PEPS est un projet de recherche qui doit associer des chercheurs en informatique ou mathématiques d’une part, et des chercheurs en biologie d’autre part, appartenant à des unités différentes. Le programme de recherche doit être centré autour d’un projet concret, original et s’appuyer sur la mise en commun de compétences pluridisciplinaires dans le but de créer des connaissances ou un produit unique. Le champ thématique de cet appel couvre l’ensemble des approches issues des mathématiques ou de l’informatique pour l’étude du vivant. Cela comprend la modélisation stochastique ou déterministe, le développement ou l’optimisation d’algorithmes, la création de bases de données, le calcul à haute performance, etc. Les projets doivent demander des développements théoriques innovants et avoir pour objectif de répondre à une question biologique clairement identifiée, issue en particulier des domaines suivants :

Traitements bio-informatiques pour la biologie à grande échelle ou à haut débit
Biologie des systèmes, biologie synthétique
Biologie intégrative
Biologie quantitative
Neurosciences computationnelles
Modélisation des maladies transmissibles

Le réseau de chercheurs peut être soit local, soit national, mais la notion de travail en réseau multi-compétences, multi-disciplines est primordiale. Les projets faisant intervenir des jeunes chercheurs seront favorisés.

Le porteur du projet devra appartenir à une unité qui relève du CNRS, de l’Inserm ou d’Inria. Il devra obtenir le visa de son directeur de laboratoire pour déposer le projet. Seules les équipes relevant des organismes porteurs de l’appel d’offre pourront directement bénéficier d’un financement. La mise en place des projets acceptés sera très rapide et il n’y aura pas de report de crédit d’une année sur l’autre.

Concernant la demande budgétaire, le financement est limité dans le temps (deux ans maximum, plafonnement à 30 k€ maximum par an et par projet). Les crédits de personnel, sauf stagiaires, ne sont pas couverts.

Les projets seront évalués par un conseil scientifique commun aux organismes porteurs. Il est composé de membres des organismes, assistés de relecteurs extérieurs. Un court rapport d’avancement sera demandé en fin de première année.

Contact INS2I : helene.touzet (at) cnrs-dir.fr

Texte de l’appel (PDF)
Formulaire de candidature (Document word)
Site de dépôt des candidatures

La campagne est close depuis le 13 avril 2012.

PEPS INS2I

Résultats PEPS INS2I 2012

Projet COIG - Commandabilité, observabilité et inversibilité à gauche de systèmes discrets sous-échantillonnés - Porteur : Ina Taralova
Projet ASenDyn - Analyse de sensibilité globale pour les modèles dynamiques - Porteur : Floriane Collin
Projet Multiscale Crowds - Modèles d’analyse et de simulation multi échelles pour les phénomènes de foule - Porteur : Nicolas Courty
Projet RETHREC - Récupération d’énergie thermique pour les réseaux corporels - Porteur : Patrick Garda
Projet HOGRASI - Homomorphismes des graphes signés - Porteur : Reza Naserasr
Projet SIGBaM - Structuration et indexation de très grandes bases de molécules - Porteur : Salvatore-Antoine Tabbone
Projet PhySecNet - Sécurisation des réseaux à la couche physique - Porteur : Matthieu Bloch
Projet OCN - Affectation de ressources pour des services virtualisés - Porteur : Patrick Martineau
Projet ELN-LSA - Estimateurs non linéaires et localisation de sources en aveugle : caractérisation d’un milieu dispersif (la glace) à partir de l’écoute passive du glacier d’Argentière - Porteur : Michel Gay
Projet Misère - Graphes pour les jeux combinatoires en convention Misère - Porteur : Paul Dorbec
Projet HLS-RT - Synthèse haut-niveau d’accélérateurs matériels sous contraintes temps réel - Porteur : Laure Gonnord
Projet AIWS - Analyse des fichiers d’interaction des services Web – Découverte de protocoles de conversation - Porteur : Genoveva Vargas-Solar
Projet Holonomix : Asymptotique des fonctions spéciales issues de la physique, de l’informatique et de la théorie des nombres - Porteur : Cyril Banderier
Projet SEMYO : Segmentation 3D du muscle squelettique à partir d’IRM pour l’analyse quantitative de myopathies - Porteur : Benjamin Gilles
Projet ASYDE : Analyse de systèmes de digesteurs biologiques - Porteur : Hugues Mounier
Projet ALPACA : Analyse des langages parallèles en combinatoire analytique - Porteur : Frédéric Peschanski
Projet C1PAP : Propriété des uns consécutifs, nouvelles extensions, approximations et applications - Porteur : Mathieu Raffinot

Appel à propositions PEPS INS2I 2012

Le Projet Exploratoire-Premier(s) Soutien(s) est un projet de recherche exploratoire qui rassemble plusieurs chercheurs de différents laboratoires. Le Premier Soutien doit être interprété comme le financement d’un programme de recherche qui comporte une prise de risque sur des sujets prospectifs, les résultats obtenus permettant éventuellement de pouvoir répondre à des appels d’offre au financement plus conséquent. Le montant du soutien sera plafonné à 8k€ par an, pour une ou deux années.

Le périmètre scientifique couvre celui de l’institut INS2I :

Acquisition, traitement, partage, diffusion, modélisation, représentation et transmission de données numériques ou symboliques
Informatique
Automatique, robotique
Traitement du signal et des images
Télécommunications
Conception de systèmes sur puce.

Le chef de projet doit mener ses travaux dans un laboratoire rattaché au CNRS. Il devra obtenir le visa de son directeur de laboratoire pour déposer le projet. Il gèrera l’ensemble des crédits du projet. La mise en place des crédits des projets acceptés sera très rapide et leur consommation devra respecter la contrainte annuelle de dépense des crédits d’Etat. Un rapport annuel sera évalué par l’institut. Les crédits de personnel ne seront pas couverts.

Pour candidater, merci de remplir les deux fichiers ci-dessous et de les adresser à Corinne Poulain. Le formulaire de réponse, au format pdf, ne doit pas dépasser 4 pages.