Situation normale
Près de la côte ouest de l’Amérique du Sud, les eaux de surface entraînées vers le large par l’action des alizés, sont remplacées par des eaux plus profondes, plus froides et plus riches en nutriment (phénomène d’upwelling). Ceci a pour conséquence l’établissement d’un courant froid et riche en vie marine (le courant de Humboldt) qui longe la côte du Chili - Pérou - Equateur, puis s’éloigne vers l’ouest en baignant les Galapagos. Ce courant est renforcé lorsque les alizés sont intenses, ce qui correspond à un indice positif de l’oscillation australe (ENSO). Cet indice exprime l’écart de pression entre l’anticyclone de Tahiti et le centre dépressionnaire de Darwin. Plus l’écart est grand plus l’écoulement des masses d’air de la surpression de Tahiti à la dépression de Darwin est renforcé et plus les alizés de l’hémisphère sud sont intenses dans cette région. Les alizés « repoussent » alors avec énergie les eaux chaudes tropicales vers l’ouest (celles-ci se concentrent dans l’ouest du Pacifique) activant ainsi l’upwelling sur la côte Chili-Pérou-Equateur. Cette situation conduit climatiquement à une aridité prononcée de ces régions côtières, et à des pluies abondantes au-dessus de l’Indonésie et au-dessus du nord de l’Australie (par suite de la forte activité convective qui y règne).

Situation El Niño
Lorsque l’écart s’atténue (indice ENSO négatif), les alizés sont plus faibles et la remontée d’eau froide le long des côtes de l’Amérique du Sud atténuée voire enrayée. Les eaux côtières froides et riches en nutriment de l’upwelling font place à des eaux plus chaudes et moins riches, entraînant une diminution importante de la vie marine (pêches désastreuses). Par suite de la présence de cette masse d’eau chaude le long des côtes et de la faiblesse des alizés, les régions côtières subissent de très fortes pluies. Celles-ci, tombant sur des régions désertiques au sol non fixé par la végétation, provoquent souvent des coulées de boue catastrophiques. A l’autre bout du Pacifique, les zones dépressionnaires étant moins marquées, les précipitations sont plus faibles entraînant sécheresse et incendies sur l’Australie et les îles avoisinantes (voir le schéma El Niño). Les événements El Niño se répercutent bien au delà de ces régions et touchent de nombreuses parties de la planète.

En situation habituelle, en été de l’hémisphère sud la ZCIT (Zone de Convergence Intertropicale) se déplaçant vers le sud, l’anticyclone de Tahiti descend vers le sud (voir la position moyenne des dépressions et anticyclones depuis 1960 en été et en hiver), et à cette saison les alizés soufflent plus faiblement sur les côtes du Pérou et l’upwelling s’atténue ; c’est donc à cette époque de l’année que, régulièrement, au moment de Noël (El Niño = l’enfant Jésus), les courants côtiers se réchauffent le long des côtes. Aujourd’hui, dans la communauté des climatologues, par référence à cette fluctuation saisonnière et par extension, El Niño désigne exclusivement les années où le réchauffement des eaux de surface devient particulièrement important et où le régime des pluies est fortement perturbé ce qui est lié à un indice ENSO négatif.