Boiser ou reboiser les rives des cours d'eau permet d’en consolider les berges, de préserver la biodiversité de leur faune et de leur flore et de les protéger de la pollution diffuse. 

 
Surveillance de l'humidité des sols, ici autour du canal du Midi 

Vouloir diminuer la consommation ne suffit pas. Le bon fonctionnement des écosystèmes aquatiques (voir le chapitre Écosystèmes aquatiques continentaux) doit également être préservé.
Il apparaît clairement aujourd’hui que la gestion des hydrosystèmes fluviaux et lacustres doit tenir compte des multiples usages (ressources hydriques, énergétiques et piscicoles) et fonctions (transport fluvial, loisir). Elle doit aussi être pensée de façon globale, à l’échelle des bassins hydrographiques, et dans une perspective de long terme, que cela concerne le stockage de l’eau pour sa consommation, la lutte contre les crues, la production d’électricité ou le contrôle des prélèvements. Enfin, la simple gestion hydraulique des cours d’eau doit aujourd’hui céder la place à une gestion réellement écologique de ces milieux et de l’espace rural duquel ils participent, c’est-à-dire à une gestion qui prenne en compte toutes leurs composantes : l’eau, les organismes qui y vivent et leurs habitats. C’est le sens de la directive 2000/60/CE du Parlement européen établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau. Elle incite les Etats membres à protéger, restaurer et améliorer les masses d’eau de surface afin de parvenir à un bon état (sous entendu chimique et écologique) au plus tard quinze ans après l’entrée en vigueur de la directive.

En premier lieu, l’existence même des milieux aquatiques doit être préservée. Pour éviter tout risque d’épuisement, l’utilisation de la ressource eau doit être planifiée : il s’agit d’identifier et d’évaluer les besoins des divers usagers, de cerner les capacités de renouvellement des réservoirs, et de diversifier et réglementer les prélèvements.

Un couvert végétal suffisant doit également être maintenu en milieu rural, afin d'éviter le dessèchement des terrains et de freiner ainsi le ruissellement de l’eau et l'érosion des sols. Boiser ou reboiser les rives des cours d'eau permet d’en consolider les berges, de préserver la biodiversité de leur faune et de leur flore et de les protéger de la pollution diffuse : intercalées entre les cours d'eau et les parcelles cultivées, ces zones boisées éliminent en effet naturellement les nitrates issus de ces parcelles, ceux-ci étant absorbés par les végétaux et par certaines bactéries vivant dans les sols gorgés d'eau. Les zones humides, dont la surface diminue constamment par suite du drainage et de la mise en culture des terres, doivent également être préservées, car elles sont des lieux privilégiés de développement pour la flore et la faune alluviales et fluviales ; elles jouent en outre un rôle essentiel dans le stockage des eaux en crue.

Enfin, toute action visant à modifier le fonctionnement naturel des grands systèmes hydriques doit être l’objet de la plus grande attention. Il devient en effet urgent aujourd’hui d’opposer aux avantages longtemps mis en avant pour légitimer certains grands aménagements hydrauliques, leurs impacts écologiques à long terme parfois catastrophiques (voir le chapitre Dégradations).

C’est le cas notamment des grands barrages. Certaines mesures sont prises dans les pays industrialisés comme le maintien d’un débit d’eau minimal tout au long de l’année ou encore l’aménagement de " passes " à poissons afin de permettre aux poissons migrateurs qui ont totalement déserté certains grands fleuves de s’y établir à nouveau.

Chaque fois que c’est possible, le recours à des solutions alternatives doit être favorisé. Ainsi, il n’est pas toujours besoin de recourir à d’immenses barrages pour stocker l’eau. La construction de retenues dites collinaires, petits barrages en terre de faible hauteur établis en amont de vallées peu encaissées, peut être parfois suffisante. Outre de stocker l’eau, ces retenues peuvent en effet aider à lutter contre le ruissellement et l'érosion des sols.
En Inde par exemple, les eaux de ruissellement sont détournées et amenées sur des parcelles agricoles ; celles qui ne s’infiltrent pas sont récupérées en aval dans des petits barrages ; en été, ceux-ci sont asséchés, et les limons recueillis par curage épandus sur les champs.
D'autres solutions existent, comme le stockage de l'eau dans des cavités karstiques naturelles. Ce stockage souterrain de l'excédent d'eau, notamment hivernal, dans de profonds réservoirs aquifères a déjà prouvé son efficacité. Il présente de nombreux avantages : il ne détourne pas l'eau de son bassin naturel, il réduit au minimum l'évaporation, très forte dans les réservoirs de surface, et il permet de mieux répartir les flux tout au long de l'année, palliant en cela les pénuries estivales. Ainsi, à Londres, une part du flux hivernal des fleuves est mise en réserve dans les roches aquifères crayeuses sur lesquelles repose la ville, une mesure qui a par ailleurs inversé la tendance à l'abaissement de la nappe phréatique. En Arizona, où tout le quota d'eau du Colorado n'est pas utilisé, l'excédent est également stocké de la même façon.

De même, les grands barrages et l’endiguement des cours d’eau pour lutter contre les crues ne semblent plus une panacée pour les experts. Ceux-ci préconisent aujourd’hui des aménagements plus légers et plus diversifiés (petites digues, petites retenues, création d’aires de stockage des eaux en crue, réhabilitation des zones humides, reboisement, limitation de l’urbanisation des zones inondables …), qui seraient répartis sur l’ensemble du bassin versant en des lieux finement choisis, et associés à des pratiques agricoles minimisant le ruissellement.