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genomique-environnementale

Colloque Génomique Environnementale Lyon - 240 participants - 37 communications orales - 40 posters associé à la réunion annuelle EMBnet (Réseau Européen de Bioinformatique) à Lyon et d’un se-cond associé au « British Ecological Society and Société Française d’Ecologie Joint Meeting » à Lille, mais aussi avec la proposition de numéros spéciaux « Environmental Genomics » (2014) dans une ou deux revue(s) internationale(s) à comité de lecture que sont Heredity (Nature Publishing Group) et Genetica (Springer). Une mobilisation et une pression fortes de la communauté GE ont été révélées grâce aux appels à projets APEGE 2012 et 2013. Ceux-ci ont été portés par un financement du CNRS-INEE afin de soutenir des projets annuels mobilisant les approches de séquençage à haut débit (gé-nomique/ transcriptomique/métagénomique*/ métatranscriptomique/barcode*) dans les do-maines de l’écologie fonctionnelle et des inte-ractions entre organismes, de l’écologie et de la biodiversité des communautés, de la dynamique et de l’évolution des interactions passées et présentes, de paléogénomique et ADN ancien et également de questions liées aux outils d’analyse des données NGS (bioinformatique/ biostatistique/mathématique). Tous les objets biologiques ont été éligibles (Virus, Archées, Bactéries et Eucaryotes) ainsi que tous les en-vironnements (marins, littoraux, continentaux, tempérés, tropicaux, polaires, etc.). Les projets devaient avoir pour objectif de répondre à une question biologique clairement identifiée. Le dé-tail des appels à propositions est disponible sur le site du RTP-GE. La pression sur ces deux appels à projets a été forte avec 102 et 94 projets déposés res-pectivement en 2012 et 2013 pour une pres-sion financière de 1 800 et 1 100 kE. La diffé-rence entre les pressions financières de 2012 et 2013 est expliquée par la limite supérieure de la demande fixée dans l’appel d’offres à Philippe Vandenkoornhuyse (CNRS, Univ Rennes 1), et Xavier Vekemans (CNRS, Univ Lille 1). Le bu-reau et le comité scientifique ont permis d’asso-cier des expertises couvrant un large spectre de champs thématiques, organismes, écosystèmes, ainsi que les dernières avancées en technologies de séquençage et bioinformatique. Les principales actions nationales du RTP-GE (Figure 2A) ont été l’organisation de deux col-loques nationaux à Lyon et Rennes, une école thématique à Aussois, et deux appels à proposi-tions en génomique environnementale (APEGE). Ces actions ont permis à la fois de recenser les laboratoires actifs en génomique environ-nementale, qui relèvent ou sont partenaires de l’INEE (voir chapitre III), mais aussi d’améliorer leur visibilité, stimuler les échanges de connais-sances entre chercheurs et ingénieurs confirmés et en formation (doctorants et post-doctorants), et de recueillir les attentes des laboratoires et chercheurs dans ce domaine en émergence. Le RTP-GE a été fortement impliqué dans les Pros-pectives INEE d’Avignon en 2012, et notamment dans les ateliers en Ecologie prédictive et chan-gements planétaires et en Génomique, et est à l’origine de la rédaction du présent document de prospective en génomique environnementale. Les principales actions internationales du RTP-GE s’inscrivent au-delà de 2013 (Figure 2A), avec l’organisation en 2014 d’un symposium Figure 2A. Principales actions du RTP Génomique Environnementale Ecole thématique Génomique Environnementale Aussois - 70 participants - 26 communications orales - 3 tables rondes - 50 posters Appel à Propositions Génomique Environnementale - 102 projets soumis - 26 projets retenus Appel à Propositions Génomique Environnementale - 94 projets soumis - 17 projets retenus Colloque Génomique Environnementale Rennes Attendus : - 300 participants - 40 communications orales - 100 posters 2 Symposiums Internationaux Lyon et Lille Numéros spéciaux dans des revues internationales 8 PROSPECTIVE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE 2011 2012 2013 2014


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