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genomique-environnementale

20 kE/projet en 2012 et 13 kE/projet en 2013. Le comité scientifique du RTP-GE a joué un rôle clé dans la sélection des projets déposés. La liste complète des projets acceptés est dispo-nible sur le site du RTP-GE. Les projets retenus couvrent l’ensemble des champs thématiques de ces appels à projets. Un questionnaire à choix multiple rempli par les porteurs de projets APEGE a permis une analyse de la typologie des projets déposés pour quatre facteurs (Figure 2B) : le champ thématique (Ecologie fonctionnelle, Biodiversité, Evolution, Adaptation, ADN ancien), les organismes étu-diés (Eucaryotes dont microorganismes*, Euca-ryotes, et Procaryotes dont Bactéries, Achées et Virus), les méthodologies proposées (Trans-criptomique, Génomique, Métagénomique/ Métatranscriptomique, et Code-barre), et les techniques NGS mobilisées (454-Roche, Illu-mina, autres). L’analyse de ces données réali-sée par Samuel Mondy (CNRS, Gif-sur-Yvette) montre que : 1) les deux APEGE ont atteint la communauté scientifique ciblée dans l’expres-sion de ces différents champs thématiques, considérant que la thématique ADN ancien re-présente moins de 10% des projets déposés ; 2) les questions abordées relèvent fréquem-ment de plusieurs champs thématiques comme le montre l’analyse de cooccurrence réalisées avec les données de 2013 ; 3) les objets étu-diés sont majoritairement des eucaryotes (deux tiers) avec néanmoins 16% des projets de 2013 concernant à la fois des eucaryotes et proca-ryotes ou virus ; 4) les méthodologies reflètent la diversité des questions biologiques avec une poussée de la génomique en 2013 qui révèlent à ce jour une utilisation première des NGS pour l’étude de populations ou d’individus ; 5) enfin une poussée remarquée de l’approche Illumina au détriment du 454-Roche en 2013. Ce glisse-ment montre l’évolution rapide de l’offre techno-logique et de ses usages. En résumé, les APEGE 2012 et 2013 ont révélé une mobilisation forte et créative de la communauté GE dans la diver-sité des champs thématiques et objets étudiés avec l’utilisation principalement de deux tech-niques NGS que sont 454-Roche et Illumina sur des plateformes publiques ou privées. Les colloques et école thématique ont révélé une demande d’échange d’expertises et de sa-voir- faire ainsi que de formation des personnels. Si le colloque génomique environnementale de Rennes programmé en novembre 2013 est en-core en cours d’organisation lors de la prépara-tion de ce document, celui de Lyon en 2011 ain-si que l’Ecole Thématique Expert en Génomique Environnementale (ETEGE) à Aussois en 2012, ont permis de réunir de nombreux acteurs de la communauté scientifique concernée. Ces deux événements ont été possibles grâce au soutien du CNRS principalement et de l’INRA. Outre le recensement des laboratoires impliqués dans ces événements, ces rencontres ont permis des échanges et partages d’expériences importants dans le contexte de la domestication des outils et procédures NGS (de l’in vivo à l’in silico) né-cessaires à leur valorisation. Ces rencontres ont révélé trois points forts qui caractérisent cette communauté en cours de constitution : - une demande d’aide à l’accès aux NGS (capa-cités de production et d’analyse des données) ; - une demande de la communauté GE pour le partage des données et des savoir-faire lors de colloques et de formations spécialisées ; - une volonté forte de dépasser les frontières dis-ciplinaires pour mieux utiliser les données NGS (mathématiques, bioinformatique, écologie, évo-lution, biologie fonctionnelle et structurale, inté-gration complexe et modélisation etc…) afin de faire face à une rude compétition internationale. En conclusion, le RTP-GE s’est avéré un outil mobilisateur puissant de la communauté scien-tifique en génomique environnementale dont l’ampleur et la vitalité ont dépassé les attentes, et dont l’accompagnement mérite toutes les attentions futures dans un contexte scientifique et technique très dynamique et compétitif. 10 SITE INTERNET RTP-GE : http://www.cnrs.fr/inee/recherche/actionsincitatives-RTP-Genoenvironnementale.htm


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