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genomique-environnementale

PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS 13 Répartition structurelle La communauté scientifique qui s’est mani-festée lors des différentes actions organisées par le RTP-GE est issue, pour les trois quart, du CNRS, de l’INRA et des Universités (repré-sentés en parts plus ou moins égales selon les actions). Le quart restant est représenté par d’autres organismes de recherche, MNHN, IRD, CIRAD, CEA, Génoscope, INSERM, INRIA, IRSTEA, IFREMER. Au CNRS, les principaux ins-tituts partenaires des projets sont, par ordre décroissant d’importance en terme de nombre d’équipes associées, l’INSB (17%), l’INSU (10%), puis de façon plus anecdotique l’INSIS et l’INSMI (1% chacun). La prépondérance des deux premiers instituts n’est pas sans perti-nence au regard des thématiques scientifiques portées par chacun d’eux. Le succès des APEGE 2012 et 2013 dépasse l’objectif initial d’amorçage et montre des besoins importants et croissants dans ce domaine. Concernant l’INEE, 80% des laboratoires de Complémentarité des communautés scientifiques Depuis le séminaire de Chizé de 2010, il est très rapidement apparu que les différentes voies d’appréhension de la génomique environ-nementale (écologie, biodiversité, évolution) étaient souvent liées et que ces divers aspects étaient traités de façon très complémen-taire. Certaines communautés de chercheurs, comme celle de l’écologie microbienne, étaient déjà bien identifiées comme partie prenante de la génomique environnementale, avec une expertise bien avancée dans l’utilisation des NGS. Les chercheurs concernés par l’écologie des communautés de microorganismes ont comme priorité l’inventaire des organismes et des communautés présentes et leurs princi-pales fonctionnalités. D’autres communautés, notamment celles liées à la biodiversité et à l’écologie évolutive, étaient plus distantes par rapport à ce champ d’application, privilègiant l’utilisation d’outils et de concepts développés durant les dernières décennies, notamment en génétique des populations, et un usage plus restrictif des NGS. Pour cette dernière communauté, les NGS apportent des moyens nouveaux d’approfondir des questions déjà an-l’institut (52 sur 66 hors FR, GDR, UMS, UMI) ont participé à l’une ou l’autre des manifesta-tions organisées par le RTP-GE et ont été notam-ment porteurs ou partenaires dans au moins un projet APEGE. La médiane du nombre de projets déposés par les laboratoires est de 2 avec un maximum de 7. Le nombre de projets est qua-siment stable entre 2012 et 2013 (102 et 94 respectivement), ce qui témoigne, là encore, du dynamisme important de la communauté dans le domaine et d’une demande qui ne faiblit pas. Il est d’ailleurs à noter que de nombreux projets ont été renouvelés tant par rapport aux technologies NGS envisagées que par rapport aux questions scientifiques abordées, signes d’une évolution rapide des concepts et des appli-cations. Le nombre d’équipes partenaires pour chaque projet varie fortement avec une moyenne de 2 laboratoires impliqués et 2 équipes partici-pantes, le nombre de partenaires pouvant aller respectivement jusqu’à 4 et 5. ciennes, sur des organismes bien identifiés. Le rapprochement de ces communautés a consti-tué un premier défi qu’a relevé le RTP-GE, qui s’est concrétisé, lors du colloque de Lyon, par un partenariat avec le réseau ECOMIC (ECO-logie MICrobienne) porté par l’INRA. Poussé par des usages communs avec des savoirs et des savoir-faire spécifiques, ce rapproche-ment s’est concrétisé lors des derniers projets APEGE où des projets collaboratifs issus de nouveaux partenariats ont vu le jour. Une communauté scientifique très concernée par l’avènement des NGS est celle du consor-tium « Bibliothèque du Vivant » qui inclut 35 unités et 200 chercheurs. Cette structure par-tenariale entre le CNRS, l’INRA et le MNHN a pour objectif de définir un cadre d’identifica-tion spécifique sur différents modèles (princi-palement eucaryotes, mais avec une gamme d’organismes très large) afin de documenter la diversité génétique intra-spécifique, d’explorer les limites d’espèces, de caractériser ces der-nières moléculairement avec une approche de type barcode, d’établir des phylogénies molécu-


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