Page 16

genomique-environnementale

FOCUS 3-1 : FRANCE GÉNOMIQUE Cette infrastructure intégrée, de dimension européenne, lauréate des investissements d’avenir 2010, a été déployée à l’échelon national pour intégrer les capacités d’analyse des génomes de 2ème et 3ème générations et les traitements bioinformatiques des données NGS générées. Elle a pour ambition de fournir, dans le domaine de la génomique, un éventail de services permettant de renforcer la compétitivité des communautés nationales d’utilisateurs, chercheurs publics et industriels, et permettra la réalisation de grands projets internationaux. Il s’agit d’une infrastruc-ture distribuée s’appuyant sur plusieurs centres aux compétences complémentaires ayant cha-cune leur(s) expertise(s) et technologie(s) spécifique(s) ainsi que les outils de bioinformatique ad hoc. La gouvernance est intégrée, avec une coordination des services et un accès unique à l’échelon national qui permet de couvrir tous les domaines des sciences du vivant (biodiversité, génomique médicale, génomique animale, génomique végétale, etc.). Cependant, une ouverture large est fortement attendue sur les organismes non modèles et les espèces non cultivées. Le projet France-Génomique regroupe le Génoscope et le Centre National de Génotypage (CNG), les 7 plateformes régionales, les noeuds du réseau national de bioinformatique (APLIBIO en Ile-de-France et ReNaBi - Réseau National des plateformes de Bioinformatique), qui seront par-tenaires du prochain IFB (Institut Français de Bio-Informatique), infrastructure qui devrait voir le jour prochainement, et à court terme, le Très Grand Centre de Calcul (TGCC) du CEA à Bruyères- Le-Chatel, où seront implantés des équipements dédiés de stockage (initialement 5 Po) et de traitement bioinformatique (initialement 3000 coeurs) parfaitement sécurisés et évolutifs. Ces infrastructures s’inscrivent dans les grands axes prioritaires de la recherche française re-censés dans la Stratégie Nationale de Recherche et d’Innovation (SNRI), les feuilles de route française et européenne des Très Grandes infrastructures de Recherche (ESFRI), et les stratégies des Alliances concernées. L’ambition du programme France Génomique n’est clairement pas de rivaliser avec des structures étrangères comme le BJI chinois (qui a ouvert son centre européen à Copenhague en 2012) ou le JGI américain, mais d’apporter à la communauté française et ses partenaires internationaux des moyens et une expertise mutualisés. Au total l’équipement prévu correspondra aux capa-cités actuelles du BGI (soit une trentaine de séquen-ceurs). L’effort sera porté non pas sur la capacité de production mais sur une expertise à 3 niveaux : 1) une veille technologique avec la mise au point de pipelines bioinformatiques permettant d’apporter à la communauté scientifique une expertise de haut niveau ; 2) un mode d’interactions avec la communauté via des collaborations sur projets ; 3) une capacité de financement de très grands projets (dont une partie sera dédiée à la génomique environnementale). Des financements de projets de moindre en-vergure soumis au fil de l’eau sont également prévus et leur mise en oeuvre sera effectuée sur l’une des 7 plateformes régionales en fonction de ses spécificités techniques et scientifiques. 14 PROSPECTIVE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE Figure 3B. Implantation nationale de l’infrastructure France Génomique. Localisation sur le territoire des plateformes nationales et régionales intégrées dans l’infrastructure.


genomique-environnementale
To see the actual publication please follow the link above