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laires entre espèces, et de donner les moyens de réaliser des inventaires moléculaires d’es-pèces dans un milieu donné. Il s’agit aussi de créer le lien indispensable entre la « biblio-thèque moléculaire » de la biodiversité et les collections nationales de spécimens, ainsi que leurs bases de données associées. En outre, Bibliothèque du Vivant permet aux chercheurs de participer aux grands programmes interna-tionaux comme « BarCode of Life » (voir cha-pitre VI). En 2011, ce consortium a soutenu 98 projets de séquençage pour une production d’environ 395.000 séquences de type Sanger au Génoscope. Aujourd’hui, l’émergence des NGS offre de nouvelles possibilités d’analyses multilocus et/ou génomiques des organismes vivants qui vont se substituer aux approches monolocus utilisant la technologie de type Sanger. Un rapprochement naturel entre la communauté Bibliothèque du Vivant et celle du RTP-GE s’est mis en place, afin de favoriser les échanges de pratiques, savoirs et savoir-faire et de promouvoir l’utilisation des NGS à toutes les échelles taxinomiques. Les différents rapprochements entre commu-nautés décrits précédemment, et auxquels a fortement participé le RTP-GE, montrent à quel point le défi pour les prochaines années sera pour la génomique environnementale de ren-forcer l’interdisciplinarité avec les bioinforma-ticiens, mathématiciens et statisticiens pour développer les méthodes conceptuelles et théo-riques d’analyse et d’exploitation des données NGS, ainsi que des prédictions théoriques sur le devenir et les fonctions des organismes et des écosystèmes dans un environnement chan-geant. Des actions conjointes avec le réseau StatOmique pourront à ce titre être envisagées. Une meilleure intégration des niveaux d’analyse, de la population à la communauté, sera égale-ment à renforcer afin de prendre en compte l’environnement biologique. PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS 15 Consortia nationaux et internationaux Outre l’infrastructure nationale France Géno-mique qui rassemble l’équipement techno-logique au travers des plateformes et des réseaux de plateformes au niveau national, un certain nombre de réseaux et de consortia se constituent autour des questions de génomique environnementale, notamment au travers de l’utilisation des NGS, soit pour des questions méthodologiques (réseau bioinformatique, sta-tistiques, etc), soit pour des questions d’objets de recherche ou de problématique environne-mentale, y compris vis-à-vis des anthroposys-tèmes ou des services écologiques. Un certain nombre de ces réseaux, aussi bien locaux que nationaux, sont brièvement mentionnés au fil des chapitres de ce cahier de prospective. Pour compléter le panorama national certains, non mentionnés ailleurs, sont présentés dans les Focus 3-2, 3-3, 3-4. A l’international, différents consortia traitent de thèmes proches de ceux développés par le RTP-GE, notamment celui porté par l’European Science Fondation, Ecological and Evolutionary Functional Genomics (EuroEEFG). Son objectif est de rapprocher les écologues et les biolo-gistes de l’évolution afin d’étudier : 1) le rôle des gènes et de leur régulation dans des pro-cessus variés tels que les réponses aux stress (changements environnementaux, interactions biotiques et contaminants), la relation entre génotype et phénotype (au niveau des traits d’histoire de vie, de l’adaptation, de la diffé-renciation écotypique et de la spéciation), 2) le rôle des processus moléculaires sur l’archi-tecture génomique des organismes et les pro-cessus de régulation, et 3) le rôle des chan-gements évolutifs à l’échelle de l’écosystème. Ce programme finance huit projets collaboratifs


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