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18 PROSPECTIVE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE FOCUS 3-4 : TERRAGENOME Approches métagénomiques pour l’étude de la microflore du sol En dépit de leur importance écologique, les microorganismes des sols sont encore très mal connus tant au niveau de leurs diversités taxinomique et fonctionnelle, que de la façon dont ils s’adaptent, évoluent et interagissent entre eux et avec leur environnement. C’est principalement dû au fait que seule une infime proportion des microorganismes qui composent les communau-tés microbiennes des sols, plus important réservoir de biodiversité, peut être cultivée in vitro. Grâce au développement conjoint des approches métagénomiques (extraction directe de l’ADN bactérien du sol) et des nouvelles méthodes de séquençage à très haut débit (NGS), l’étude des centaines de milliers d’espèces différentes des microorganismes des sols peut au-jourd’hui être efficacement initiée. Un tel projet est cependant d’une ampleur considérable et seule une large mobilisation de la communauté scientifique internationale semble en mesure de relever un tel défi qui nécessite de plus une approche multidisciplinaire entre scientifiques spécialistes en microbiologie, écologie microbienne, biologie moléculaire, bioinformatique et physico-chimie des sols. Le projet « Terragenome » a eu pour objectif dès 2009 de fédérer la communauté scientifique internationale en vue de réaliser le séquençage complet du métagénome (l’ensemble des gé-nomes microbiens) d’un sol de référence de la station agronomique expérimentale britannique à Rothamsted. Les travaux ont été initiés avec un projet français soutenu par l’ANR qui a généré les premiers séquençages d’ADN métagénomique et la construction d’une très impor-tante banque d’ADN après qu’aient été en partie résolus les biais d’extraction. Aujourd’hui, « Terragenome » a élargi ses objectifs à d’autres sols et fédère les travaux de nombreux labora-toires, notamment au travers de colloques annuels visant à partager et harmoniser méthodes expérimentales et d’analyse bioinformatique avec un soutien financier assuré par des agences nationales comme le Thuinen Institute en Allemagne ou la NSF aux Etats-Unis. Figure 3E. Une parcelle à Rothamsted en Angle-terre a été choisie par le consortium international « Terragenome » pour séquencer la totalité des génomes des bactéries de son sol. SITES INTERNET Bibliothèque du Vivant : http://bdv.ups-tlse.fr/ France Génomique https://www.france-genomique.org Idealg : http://www.idealg.ueb.eu/ Réseau BarCode of life : http://www.barcodeoflife.org/ Réseau Ecomic : http://www.dijon.inra.fr/ecomic/ Réseau StatOmique : http://vim-iip.jouy.inra.fr:8080/statomique/ Tara Oceans et Oceanomics : http://oceans.taraexpeditions.org/ Terragenome : http://www.terragenome.org/


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