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La taxinomie est précieuse pour les systémati-ciens, mais aussi pour ses utilisateurs comme les écologues, les gestionnaires d’espaces protégés et de multiples acteurs industriels dans des domaines aussi variés que les cos-métiques, la pharmacie ou l’agro-alimentaire. Relier la présence, l’absence ou l’abondance d’espèces actuelles correctement identifiées, et des communautés qu’elles constituent, à des paramètres environnementaux est désormais possible grâce aux développements de modèles de diversification et de niches. Il est également possible d’appliquer ces études aux fossiles et aux paléo-environnements et d’en tirer des en-seignements pour l’estimation de la dynamique future de la biodiversité face au retour de condi-tions environnementales similaires (Condamine et al. 2013, Wappler et al. 2012) La description de la biodiversité a longtemps été considérée comme une tâche quasi-irréalisable, d’autant que l’horizon d’une extinction rapide et massive se rapproche de nous (« sixième extinc-tion »). Or, une évaluation récente (Costello et al. 2013) de la magnitude de la biodiversité (à environ 5 à 8 millions d’espèces d’eucaryotes) rend cette tâche de description plus accessible, dans un contexte de nouvelles technologies et de réorganisation des métiers et des pratiques taxi-nomiques. Parallèlement de nouveaux comparti-ments de la biodiversité deviennent accessibles, tels que les microorganismes non cultivables dont on peut assembler les génomes à partir d’approches métagénomiques (Chap XI - Iverson et al. 2012). L’enjeu majeur est de faire dialoguer la systématique et la génomique environnemen-tale. La génomique environnementale utilise des numéros de séquences tandis que les pratiques taxinomiques gèrent des noms en lien avec des spécimens et des connaissances associées (y compris des séquences moléculaires). Les deux approches pourraient se nourrir réciproquement de manière à maximiser la connaissance sur chaque entité taxinomique détectée. Des moyens dévolus à cet enjeu dépend aussi le traitement de nombreuses problématiques néces-saires à l’étude de la structure et de la dynamique de la biodiversité, notamment : 1) l’exploitation des arbres phylogénétiques à macro-échelle afin d’en inférer le tempo et les modalités de diversi-fication du vivant au moyen des modèles récem-ment développés (modèles de diversification, mo-dèles de niches, cf. ecophylogenetics, intégration de la phylogénie dans la démarche écologique, Mouquet et al. 2012) ; 2) l’adaptation du schéma théorique de l’arbre du vivant aux modalités d’hé-ritabilité manifestées par les microorganismes (Focus 7-1). La mosaïque génétique des microor-ganismes et la réticulation permanente de leurs échanges d’ADN implique un renouveau dans l’interprétation des liens (réseaux, ou « forêts d’arbres ») et même des entités détectées. La taxinomie intégrative (Focus 7-2) réalise au-jourd’hui de nouvelles conditions de dialogue entre les approches « traditionnelles » de la taxi-nomie et les approches moléculaires (notamment barcode multi-marqueurs - Chap VIII) en organi-sant une boucle de tests mutuels d’hypothèses sur les délimitations d’espèces. La taxinomie intégrative est rendue efficace par l’incorporation, dans la mesure du possible, des séquences du type porte-nom et de diverses données qu’elles soient anatomiques, morphométriques, biochi-miques, écologiques, comportementales, etc... Cette approche implique souvent l’obtention et la prise en compte de séquences issues d’ADN dégradés (Focus 7-3), notamment ceux de spé-cimens de collections ayant qualité de « types ». Les nouvelles techniques de séquençages appli-quées à l’ADN ancien permettent d’obtenir des séquences à partir d’un volume extrêmement faible de matériel type. 36 PROSPECTIVE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE


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