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FOCUS 7-2 (suite) Selon les critères utilisés, définir les limites entre espèces au sein du réseau généalogique consiste à identifier des différences phénétiques entre groupes d’organismes, à déterminer si ces groupes constituent des lignées évolutives distinctes et à tester l’absence d’échange de gènes entre ces lignées. Chacun de ces critères repose sur une estimation des diversités intra et interspécifiques basée sur un échantillonnage d’un grand nombre de spécimens au sein de chaque espèce et d’un grand nombre d’espèces au sein de chaque ensemble étudié (taxon, communauté…). Même s’il est difficile de définir un nombre de spécimens à échantillonner par espèce qui assurerait une estimation correcte de ces diversités (l’échantillonnage d’une espèce de vertébré de grande taille endémique d’une île océanique ne nécessitera pas le même effort qu’un mollusque benthique présent dans l’ensemble de l’Indo-Pacifique), la taille des jeux de données constitués pour les approches de taxinomie intégrative se rapproche de plus en plus de celle des jeux de données de type « génétique des populations ». Au niveau interspécifique, la tendance est la même : au sein du groupe étudié, plus le nombre d’espèces intégrées à l’analyse est grand, plus l’estimation de la diversité interspécifique sera représentative, et plus les hypo-thèses taxinomiques seront robustes. Dans ce contexte, les analyses moléculaires sont maintenant régulièrement intégrées aux ap-proches de taxinomie, notamment via l’essor des projets de types « barcoding ». Comme pour les spécimens, l’échantillonnage des marqueurs génétiques au sein des génomes n’est pas à négli-ger : un des critères principaux de délimitation d’espèces reste la capacité (ou l’incapacité) à se reproduire, et donc à échanger (ou non) des gènes, critère qui ne peut être testé que si plusieurs marqueurs génétiques non liés sont analysés. Chez de nombreux organismes, l’identification et la caractérisation de tels marqueurs (facilement accessible et variable au niveau spécifique) est souvent problématique, de part notre manque de connaissances sur les génomes de nombreux organismes. Les approches NGS offrent potentiellement des solutions à ces problèmes car elles permettent de séquencer un grand nombre de spécimens pour un grand nombre de marqueurs génétiques. Elles ne nécessitent pas, pour certaines, l’identification des gènes-cibles et donc de connais-sances a priori du génome, un avantage évident pour les taxons dont les génomes, la diversité et la taxinomie restent peu connus. De plus, les méthodes de type RAD-seq* assurent une cou-verture* du génome largement supérieure aux approches « gène-centré » et permettent ainsi de s’affranchir des problèmes liés au séquençage d’un ou de quelques marqueurs dans le cadre des approches de taxinomie. Des adaptations méthodologiques sont encore nécessaires afin d’accompagner la transition du séquençage de type Sanger vers les NGS. PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS 39 Pour les eucaryotes, les approches de type bar-code requièrent la mise en place d’une biblio-thèque de séquences de référence en lien avec des spécimens préservés dans des collections d’Histoire Naturelle (voir aussi chap XI pour les microorganismes). Les NGS posent encore des problèmes de traçabilité dans une logique clai-rement orientée sur des spécimens. Ainsi, la technologie de séquençage par la méthode de Sanger reste encore aujourd’hui celle qui permet de garantir une traçabilité spécimen/séquence. Des efforts méthodologiques sont à entreprendre pour accompagner la transition NGS. Les NGS sont très prometteuses dans l’analyse de la composition des communautés, en parti-culier celles qui sont les plus menacées à court terme par les changements globaux, mais elles risquent, de par leurs contraintes techniques, de conduire à une taxinomie des OTU* (voir focus 11.4) désincarnée et découplée des noms de taxons et des connaissances associées. Cela pourrait paraître acceptable pour certaines éva-luations quantitatives de la biodiversité, face notamment à des urgences environnementales (déforestation, changement d’usage des terres par exemple). Il faut dans les autres cas, et en


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