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VIII Des grands projets exploratoires fondés sur le séquençage d’ADN ont démarré dans les années 1990 (e.g. génome humain) suivi une dizaine d’années plus tard par le projet Barcode of Life (BoL). Ce projet visait à fournir un outil de diagnostic universel de la diversité spécifique uti-lisable dans différents domaines (e.g. écologie, agronomie, réglementation douanière, etc…) mais aussi à accélérer la description de la biodiversité encore inconnue. Le DNA-barcoding re-pose sur l’obtention de données génétiques standardisées (i.e. des code-barres ADN) à partir de spécimens référencés dans des collections et identifiés par des taxinomistes, ce qui assure l’application des nomenclatures biologiques (Puillandre et al. 2011). Le métabarcoding est un prolongement de l’approche DNA-barcoding : son but est de capter la biodiversité d’un échan-tillon environnemental (sol, eau, contenu digestif...), il utilise fréquemment d’autres standards génétiques (Taberlet et al. 2012). CARACTÉRISER LA DIVERSITÉ DU VIVANT Coordinateurs : François Pompanon et Sarah Samadi Contributeurs : Régis Debruyne, Frédéric Delsuc, Catherine Hänni , Sébastien Lavergne, Morgane Ollivier, Eric Pante, Nicolas Puillandre, Jean-Yves Rasplus, Pierre Taberlet La première limitation de ces deux approches est la complétion en termes de couverture taxi-nomique des banques de données de référence. La seconde concerne le choix de standards génétiques offrant un niveau de résolution per-mettant de répondre aux différents questionne-ments et de couvrir la diversité du vivant. Les NGS permettent d’envisager de lever cette limi-tation (Figure 8A) en facilitant l’obtention d’un plus grand nombre de marqueurs, couvrant plus largement les génomes et offrant ainsi une plus grande gamme de résolution pour répondre aux différents questionnements (Focus 8-1). Contrairement aux approches caractérisant des échantillons environnementaux (métagé-nomique, métabarcoding), le DNA-barcoding sensu stricto s’est plus tourné vers l’effort de complétion et la pertinence taxinomique que vers les développements permis par les NGS. En France, plusieurs laboratoires utilisent les NGS pour décrire la diversité du vivant dans des études systématiques, phylogénétiques et écologiques. Ces disciplines ont leurs ques-tionnements et souvent leurs outils propres, mais il est essentiel que les résultats pro-duits par l’une puissent être exploités par les autres. Par exemple, les bases de référence mettant en relation information génétique et taxinomique doivent pouvoir être utilisées pour caractériser la diversité des écosystèmes ; la découverte de nouveaux compartiments de biodiversité dans des études écologiques doit pouvoir être rapidement prise en compte dans les études taxinomiques et phylogénétiques. Un enjeu majeur est donc le développement de méthodes compatibles pour la systématique et l’écologie. PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS 43


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