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50 PROSPECTIVE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE FOCUS 8-5 Apport de la paléogénomique à la compréhension des effets de la domestication : origine et évolution du chien La domestication par l’homme d’espèces animales ou végétales est un processus d’évolution rapide impliquant des modifications génétiques, phénotypiques et compor-tementales modulant ainsi la diversité du vivant. Le résultat de ce processus s’observe aujourd’hui par exemple au niveau des différentes races domestiques. Cependant les phénomènes de domestication anciens ne peuvent être étudiés sur la seule base des observations de la diversité génétique actuelle. Grâce à l’obtention des données géné-tiques/ génomiques diachroniques, la paléogénomique permet d’accéder à la diversité génétique passée, à sa variation lors des différentes étapes de la domestication, et de comprendre l’adaptation des espèces dans ce contexte. Le chien (Canis lupus familiaris) est le premier animal domestiqué par les peuples chas-seurs- cueilleurs au Paléolithique supérieur (30.000 à 15.000 BP). Sa domestication a été possible dans les régions où son ancêtre sauvage, le loup (Canis lupus) était pré-sent. L’origine et le nombre d’évènements de domestication du chien ont longtemps fait débat. Des ossements de chiens et loups anciens provenant de 41 sites archéologiques à travers l’Eurasie ont fait l’objet d’une analyse paléogénomique. En raison des caractéristiques de l’ADN ancien, ce type d’analyse nécessite l’authentifi-cation des séquences obtenues grâce à une expertise spécifique. En effet, il faut travail-ler de façon à minimiser les risques de contaminations lors des différentes étapes, de l’échantillonnage au séquençage. De même, dans les séquences obtenues, les substi-tutions artéfactuelles (dégradations dues au temps et à l’environnement) doivent être détectées et différenciées des vraies mutations biologiques. La possibilité d’obtenir une Figure 8E. Distribution des haplogroupes mitochon-driaux et des allèles KB (CBD103) et R301C (MC1R) avant et après le début du Néolithique. Haplogroupes mitochon-driaux A (rouge), C (jaune), D (vert). Présence de l’allèle KB (noir), absence de l’allèle KB (orange), présence de l’allèle R301C (bleu), absence de l’allèle R301C (blanc), couleur indéterminée (?). carré : loups, ronds : chiens.


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