Page 53

genomique-environnementale

FOCUS 8-5 (suite) profondeur de séquençage importante (nombres d’amplicons*) par NGS (ici technologie 454), pour un fragment de gène donné, facilite une telle approche. Seules les séquences authentifiées doivent alors être prises en compte. Dans un premier temps, 68 séquences authentiques d’ADN mitochondrial (D-loop) ont été obtenues et ont permis d’accéder à la diversité génétique des chiens anciens. Ces don-nées ont été confrontées à des données morphométriques. Les résultats ont montré que la domestication du chien a eu lieu dans au moins deux régions distinctes au Paléolithique : en Asie et en Europe de l’Ouest (Figure 8E), puis, plus tard, au cours du Néolithique, au Moyen- Orient. Ceci suggère que plusieurs populations de loups sont à l’origine des chiens actuels et que les premiers chiens étaient probablement caractérisés par une importante variabilité génétique et phénotypique. Résultant de 300 ans de sélection artificielle, la population canine est de nos jours fragmen-tée en 350 races phénotypiquement bien caractérisées. Cependant, cette sélection étant très récente, les données génétiques actuelles ne permettent pas : - d’accéder aux phénotypes des premiers chiens domestiqués, - d’accéder à la variabilité génétique sous-tendant ces phénotypes et leur diffusion à travers le temps et l’espace, - de comprendre les relations entre la diversité génétique et phénotypique ancienne et celle des races actuelles. Une deuxième partie de l’étude a consisté à obtenir des données sur la couleur des pre-miers chiens (Figure 8E) dont la variation est l’un des premiers effets de la domestication. L’analyse des variants de deux gènes codant pour la couleur du pelage, Mc1r (Melanocortin 1 Receptor) et CBD103 (canine beta-defensin), a permis de montrer une variabilité de la couleur dès le Mésolithique (Ollivier et al. 2013). Cette approche paléogénomique a permis de mettre en évidence non seulement la diversité issue du pool génétique de populations de loups, capturée lors du processus de domestication ; mais aussi l’apparition de nouveaux variants liés au relâchement des pressions de la sélection naturelle suite à la domestication. Ceci a été possible grâce à la comparaison des données génomiques déjà disponibles chez les chiens actuels (génome complet du boxer, séquences annotées, SNPs…) et celles obte-nues chez les loups et chiens anciens. PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS 51


genomique-environnementale
To see the actual publication please follow the link above