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L’INEE, dans sa mission de faire émerger les sciences de l’environnement en tant que champ scientifique intégré a une position clé pour accompagner cette mutation. Le RTP-GE a identifié quatre domaines majeurs de recherche liés aux NGS, et qui sont déclinés dans l’ensemble de ses actions et dans ce document : 1) l’analyse de la biodiversité et des associations inter-organismes aux échelles individus, populations et communautés dans une approche intégrée des interactomes ; 2) l’identification des processus évolutifs et adaptatifs de l’ensemble des molécules du vivant impliquées, 3) la prise en compte des sociétés humaines dans leurs composantes économiques et culturelles pour l’étude de la dynamique des écosystèmes, y compris dans une approche rétrospective, et 4) l’anticipation de l’évolution des écosystèmes, y compris ceux d’origine anthropique, à l’aide de modèles prédictifs élaborés à partir de la com-préhension de leurs propriétés aux échelles locales, régionales et planétaires. Les différentes actions entreprises par le RTP-GE à partir de ces quatre axes de recherche ont suscité un fort enthousiasme de la part d’une nouvelle communauté scientifique fédérée autour de la génomique environnementale, engouement qui témoigne d’un besoin manifeste de partage de connaissances et de savoir-faire sur les NGS. Le colloque de Lyon en 2011 a permis de consolider et de rendre visible un élan national dans le domaine de la génomique environnementale associant les laboratoires du CNRS et de ses partenaires. Un soutien direct aux laboratoires a été apporté sous la forme de deux appels à projets en génomique envi-ronnementale (APEGE 2012 et 2013), tandis qu’une école thématique (2012) a renforcé les interactions entre jeunes chercheurs et chercheurs confirmés et entre laboratoires relevant de champs disciplinaires différents. En 2013, cette dynamique se poursuit par un colloque en novembre à Rennes et des perspectives de valorisation des travaux de recherche dans des numéros spéciaux de revues à comité de lecture. D’autres actions sont d’ores et déjà program-mées, notamment en 2014 dans le cadre de l’EMBnet en mai à Lyon, et du colloque conjoint entre la British Ecological Society et la Société Française d’Ecologie en décembre à Lille. ` Loin d’être un aboutissement, ce cahier de prospective, issu d’un travail collaboratif et pluridis-ciplinaire, a vocation à soutenir et amplifier des nouvelles dynamiques de recherche aux plans national et international. Stéphanie Thiébault Directrice de l’Institut écologie et environnement du CNRS Martine Hossaert Directrice adjointe scientifique de l’Institut écologie et environnement du CNRS Dominique Joly Chargée de mission de l’Institut écologie et environnement du CNRS 4


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