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genomique-environnementale

La génomique environnementale regroupe l’ensemble des connaissances acquises sur les orga-nismes et écosystèmes présents et passés par l’analyse de la séquence des gènes, génomes, méta-génomes, transcrits, transcriptomes et métatranscriptomes. Ainsi, en combinaison avec d’autres technologies et observations, la génomique environnementale informe sur la taxinomie* et la diver-sité des organismes actuels et fossiles (individus, populations, communautés), leur phylogénie* et évolution, leurs potentialités et capacités d’adaptation et d’acclimatation, leur biologie, leurs traits fonctionnels, et leurs interactions avec l’environnement dans ses dimensions biotique et abiotique. Les nouvelles générations (technologies) de séquençage (NGS/NTS) de l’ADN permettent un niveau de production de données en (méta) génomique structurelle et fonctionnelle encore inimaginable il y a quelques années. Les NGS modifient profondément et durablement les stratégies expérimentales en évolution, biodi-versité et écologie des organismes et écosys-tèmes présents et passés, mais aussi le regard scientifique porté sur les populations humaines, ainsi que la représentation du Vivant. Les NGS concernent tous les domaines du vivant, Archées, Eucaryotes et Bactéries ainsi que les Virus, et permettent d’accéder à des groupes taxinomiques encore inconnus. Cette révolu-tion technologique crée de nouvelles opportu-nités scientifiques, renouvelle les itinéraires techniques et méthodologiques, et appelle de nouveaux besoins en formations initiales et permanentes des différentes communautés scientifiques relevant du CNRS-INEE et ses par-tenaires nationaux et internationaux. Les premières technologies de séquençage ont émergé dans les années 1970 et ont été utilisées pour le séquençage des premiers génomes et mé-tagénomes dès la fin des années 1990. Elles ont contribué à l’émergence de la génétique et géno-mique structurales et fonctionnelles, la phylogénie et la taxinomie moléculaires*, ainsi que le déve-loppement de marqueurs moléculaires de taxons ou code-barres. Les nouvelles générations (tech-nologies) de séquençage (NGS/NTS) émergent au milieu des années 2000 avec la commercialisa-tion de technologies dites de seconde génération : Solid par Life-technologies, Solexa par Illumina* et pyroséquençage 454* par Roche sont les plus utili- INTRODUCTION PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS Prospective 5 I Figure 1A. Coût (USD) de séquençage par Mb et par génome 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 génomique environnementale


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