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FOCUS 10-4 70 PROSPECTIVE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE Découvrir les adaptations spécifiques des espèces bactériennes qui ont conduit à leur spéciation et leur permettent d’échapper à la compétition inter-spécifique Suite aux hypothèses de Cohan (2006) sur l’effet de la sélection sur l’homogénéité des popula-tions bactériennes, on suppose que les espèces bactériennes définies sur la base de leur proxi-mité génomique (Stackebrandt et al. 2002) sont en fait des espèces écologiques adaptées à des niches particulières. Découvrir ces niches spécifiques potentielles permet de comprendre les mécanismes de spéciation tout en pointant les niches écologiques primaires qui permettent aux espèces bactériennes d’échapper à la compétition inter-spécifique. Dans ce projet, il s’agit de tester cette hypothèse en découvrant et caractérisant ces adaptations « spécifiques d’espèce » chez les bactéries du genre Agrobacterium constitué de nombreuses espèces sympatriques, génétiquement bien différenciées mais étroitement apparentées. Une première étape a consisté à identifier les gènes spécifiques de l’espèce Agrobacterium fa-brum en comparant les contenus géniques d’espèces apparentées dans une approche d’écologie inverse. Après avoir identifié les régions génomiques spécifiques d’espèce, la deuxième étape a consisté à tester expérimentalement les prédictions fonctionnelles de l’annotation experte par génétique inverse afin d’inférer les niches écologiques spécifiques potentielles des espèces. Les premiers résultats ont montré qu’il y avait 196 gènes spécifiques d’espèce chez A. fabrum, groupés dans sept régions géno-miques localisées sur les chromosomes circulaires et linéaires. Ces régions codent des voies métaboliques particulières à par-tir desquelles il a été possible d’inférer une niche spécifique potentielle hypothétique (Lassalle et al. 2011). Cette niche se situe-rait dans la rhizosphère des plantes où A. fabrum pourrait utiliser des composés phé-noliques et des sucres particuliers, surmon-ter la carence en fer, résister à des compo-sés toxiques et percevoir des signaux émis par la plante (Figure 10E). Les travaux de génétique fonctionnelle confirment ces pré-dictions et démontrent que les gènes spéci-fiques d’A. fabrum permettent effectivement à ses membres d’échapper à la compétition avec les espèces apparentées. Afin de généraliser l’approche, une base de données de famille de tous les gènes ortho-logues d’Agrobacterium, Agrogenom (http:// phylariane.univ-lyon1.fr/) a été construite à partir des séquences génomiques de toutes les espèces connues à ce jour chez Agrobacterium plus des représentants des autres genres de la famille des Rhizobiacées (Shams et al. 2013). Cette base de données


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