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FOCUS 10-4 (suite) PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS 71 permet de reconstituer l’histoire évolutive des gènes et d’inférer les génomes ancestraux à chaque noeud de la phylogénie*. Elle permet de déterminer les niches écologiques spécifiques potentielles effectives de toutes les espèces d’Agrobacterium mais aussi les niches écologiques spécifiques de genre chez les Rhizobiacées. En conclusion, l’approche d’écologie inverse alliant génomique comparative et génétiques in-verse et fonctionnelle a permis de démontrer que l’espèce bactérienne «génomique» est bien une espèce écologique et que la spéciation, au moins chez Agrobacterium, est de type para-patrique. Cette approche révèle en outre la nature des niches écologiques primaires — le plus souvent méconnues — qui permettent aux espèces bactériennes d’échapper à la compétition inter-spécifique. Il semble utile et fructueux de généraliser cette approche aux différentes es-pèces bactériennes afin de tenir compte de leur rôle écologique dans les microbiomes. In fine, il semble indispensable que l’International Committee on Systematic of Prokaryotes (ICSP) de-mande le séquençage de plusieurs génomes des espèces nouvellement décrites et encourage ce travail pour les espèces plus anciennes. Ceci permettrait d’associer une annotation écolo-gique à chaque espèce bactérienne qui serait de grande utilité pour explorer les potentialités fonctionnelles des métagénomes. Figure 10E. Cartographie génomique et traits fonctionnels. A gauche, position des régions du génome (SpG8-1 à -8) identifiées comme spécifiques de l’espèce A. fabrum ; à droite, traits fonctionnels codés par ces régions spécifiques et leurs rôles dans la niche spécifique hypothétique d’A. fabrum montrant une adaptation à des échanges étroits avec une plante (adapté de Lassalle et al. 2011).


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