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PROSPECTIVE GÉNOMIQUE ENVIRONNEMENTALE Les principales limitations aux développements des connaissances dans ce domaine sont les suivantes : - Si l’acquisition et les outils de comparaison des structures des génomes sont aujourd’hui accessibles, celles des données transcripto-miques sont encore en développement (pré-parations des ARNm, traitement des données NGS). De plus, l’acquisition des données trans-criptomiques est entièrement dépendante des conditions environnementales dans lesquelles vivent les populations étudiées, donc d’autant plus difficiles à maîtriser (reproductibilité) et interpréter à mesure que la complexité de l’environnement s’accroît. La confrontation des données des différentes omiques est encore limitée, souvent pour des raisons de coûts, de contraintes techniques, dont l’interfaçage bioinformatique des bases de données, et de manque de soutien à la fédération d’expertises différentes. - Une forte contrainte, qui peut devenir un défi majeur en écologie fonctionnelle, est l’accumu-lation dans les bases de données de gènes et protéines de fonctions totalement inconnues. Il s’agit d’un frein réel à l’analyse des traits fonc-tionnels des individus et populations, mais aus-si dans le cadre de l’étude des métagénomes et métatranscriptomes en écologie des commu-nautés. RÉFÉRENCES Alloisio N, Queiroux C, Fournier P, Pujic P, Normand P, Vallenet D, Médigue C, Yamaura M, Kakoi K, Kucho KI. 2010. The Frankia alni symbiotic transcriptome. Mol Plant Microbe Inte-ract 23:593-607. Cohan FM. 2006. Towards a conceptual and operational union of bacterial systematics, ecology, and evolution. Trans R Soc Lond B Biol Sci 361:1985-1996. Duplessis S et al. 2011. Obligate biotrophy features unrave-led by the genomic analysis of the rust fungi, Melampsora larici-populina and Puccinia graminis f. sp. tritici, Proc Natl Acad Sci USA 108: 1966-1972. Floudas D et al. 2012. The Paleozoic origin of enzymatic li-gnin decomposition reconstructed from 31 fungal genomes. Science 336: 1715. Hocher V et al. 2011. Transcriptomics of actinorhizal sym-bioses reveals homologs of the whole common symbiotic signaling cascade. Plant Physiol 156:1-12. Lassalle F et al. 2011. Genomic species are ecological spe-cies as revealed by comparative genomics in Agrobacterium tumefaciens. Genome Biol Evol 3:762-781. Li YF, Costello JC, Holloway AK, Hahn MW. 2008. “Reverse ecology” and the power of population genomics. Evolution 62:2984–2994. Le décodage des fonctions inconnues est un travail à haut risque et consommateur de temps et de moyens. Il requiert de multiples expertises et ne peut pas être entrepris dans le cadre de projets de courtes durées. Voici quelques propositions de stratégies pour résoudre les défis scientifiques et techniques : - Développement et soutien de réseaux (natio-naux et internationaux) dédiés à l’étude de popu-lations d’intérêt (de la collecte d’échantillons à la mise à disposition des données moléculaires et environnementales) permettant l’association d’expertises différentes et la mise en place et l’entretien de bases de données génomiques et fonctionnelles. Cette action peut être conduite en renforçant les liens et le partage de données entre communautés scientifiques différentes travaillant des objets communs. - Mise en place de chaînes d’expertises pluridis-ciplinaires permettant l’étude de gènes et pro-téines de fonctions inconnues, et qui sont iden-tifiés comme liés à des traits fonctionnels clés. - Soutenir la formation permanente des per-sonnels afin d’accéder à un socle commun de connaissance sur l’utilisation des données NGS, et favoriser les échanges d’expertises et savoir-faire entre personnels scientifiques, notamment dans un cadre intergénérationnel. Martin F et al. 2008. Symbiosis insights from the genome of the mycorrhizal basidiomycete Laccaria bicolor. Nature 452: 88-92. Martin F et al. 2010. Périgord Black Truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis. Nature 464 : 1033-1038. Morin E et al. 2012. The genome sequence of the Button Mushroom Agaricus bisporus reveals mechanisms governing adaptation to a humic-rich ecological niche. Proc Natl Acad Sci USA 109 : 17501-17506. Normand P et al. 2007. Genome characteristics of facultati-vely symbiotic Frankia sp. strains reflect host range and host plant biogeography. Genome Research 17:7-15 Shams M, Vial L, Chapulliot D, Nesme X, Lavire C. 2013. Rapid and accurate species and genomic species identifica-tion and exhaustive population diversity assessment of Agro-bacterium spp. using recA-based PCR. Syst Appl Microbiol 36:351-358. Stackebrandt E et al. 2002. Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology. Int J Syst Evol Microbiol. 52:1043-1047. Van Straalen M, Roelofs D. 2012. An Introduction to Ecologi- 72 cal Genomics, OUP Oxford Editor, second edition.


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