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6 sées. L’émergence de ces nouvelles technologies assure la production d’un nombre très important de séquences ADN et simultanément une baisse drastique de leur coût (Figure 1A). La conjonction de ces deux caractéristiques a assuré une propa-gation rapide des NGS dans les laboratoires de recherche académique et du secteur privé liés aux sciences de la vie et de l’environnement. Les NGS offrent aux sciences de l’environnement, de l’évolution, de l’écologie et de la biodiversité de nouvelles opportunités scientifiques, mais en contrepartie exigent l’acquisition et la domesti-cation de nouveaux outils d’analyse, de manipu-lation, de stockage et d’échange des données issues des NGS. L’acquisition de ces savoir-faire s’inscrit dans un contexte de forte compétitivité nationale et internationale pour la production de connaissances, mais aussi d’enjeux sociétaux comme la biodiversité ou l’évaluation des impacts environnementaux des activités humaines. L’uti-lisation des NGS constitue également, pour des chercheurs et laboratoires questionnant différem-ment le Vivant et l’Environnement, une opportu-nité de partage et d’échanges de données, et de fédération d’expertises autour d’objets communs. Ce document de prospective en génomique envi-ronnementale est le fruit d’une réflexion et rédac-tion collectives de la communauté scientifique animée depuis 2011 par le Réseau Thématique Pluridisciplinaire en Génomique Environnemen-tale (RTP-GE). Les actions du RTP-GE ainsi que la communauté scientifique concernée sont présen-tées dans les chapitres II et III. Les chapitres IV et XIII donnent une vue d’ensemble des enjeux, verrous et propositions en génomique environ-nementale, tandis que les autres chapitres pré-cisent cette réflexion dans différents champs mé-thodologiques et scientifiques que sont l’accès à la production des données NGS (V), la qualité des données NGS (VI), la structure et la dynamique de la biodiversité (VII) et sa caractérisation (VIII), l’étude de l’évolution adaptative des gènes et génomes (IX), l’écologie fonctionnelle* des popu-lations (X) et des communautés (XI), et la modéli-sation des écosystèmes (XII). Nous remercions chaleureusement chacun des contributeurs de ce document de prospective en géno-mique environnementale, et plus particulièrement les membres du comité scientifique du RTP Géno-mique Environnementale, qui par leurs actions contribuent à faire de ce champ de recherche un espace de partage de savoirs et savoir-faire et de dialogues au sein des laboratoires et partenaires de l’INEE. Enfin, nous voudrions remercier Isabelle Poulain (INEE-CNRS) et Sylvie Apruzzèse-Serazin (Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation, CNRS, Gif-sur-Yvette) pour leur assistance régulière dans le fonction-nement du RTP, Samuel Mondy (Institut des Sciences du Végétal, CNRS, Gif-sur-Yvette) pour son aide dans l’exploitation des données du RTP-GE, ainsi que Conceiçao Silva et l’équipe du pôle communication de l’INEE-CNRS sans qui cet ouvrage n’aurait pu exister.


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