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XIIDES DONNÉES HAUT DÉBIT À LA MODÉLISATION DES ÉCOSYSTÈMES Coordinateurs : Damien Eveillard et Xavier Raynaud Contributeurs : Jérémie Bourdon, Alain Franc, Frédéric Plewniak 83 Le fonctionnement des écosystèmes tel que nous l’observons aujourd’hui est le produit d’interactions entre différents organismes. Ces interactions, notamment celles des microorganismes, expliquent de nombreuses étapes des cycles biogéochimiques, qui ont aussi un intérêt sociétal (recyclage des nutriments, production de matière, etc.). Si l’abondance microbienne est connue depuis longtemps, les données génomiques haut débit ont mis en évidence une grande diversité microbienne jusque là encore insoupçonnée (Roesch et al. 2007, Hingamp et al. 2013). Cependant, ces nouvelles descrip-tions ne sont qu’une étape vers la promesse d’élucider, au niveau moléculaire, le fonctionnement des écosystèmes microbiens. Pour y parvenir, il est important d’utiliser, dans une modélisation dédiée, toute la diversité des ressources biotechnologiques (Zengler et Palsson 2012). Les approches métaomiques permettent d’ac-céder à plusieurs niveaux d’informations utiles pour la modélisation (Figure 12A). La métagéno-mique donne accès à la diversité des acteurs présent dans le système que l’on veut modéli-ser, la métatranscriptomique (gènes exprimés) et la métaprotéomique (protéines présentes), à la fonctionnalité exprimée par une communauté donnée. Ainsi, il est aujourd’hui possible d’avoir une perception complète de la biogéographie des microorganismes à l’échelle d’un territoire (Ranjard et al. 2013), voir hollistique d’un éco-système (Karsenti et al. 2011). Cependant, cette perception reste vaine si l’effort n’est pas fait d’intégrer différentes données hétérogènes à disposition au sein d’un protocole dédié de modélisation, et ce pour raisonner sur la fonc-tion même de l’écosystème. Ces différentes approches, complémentaires, ouvrent donc la voie vers une nouvelle modélisation des écosys-tèmes, appelé « systems ecology » (Klitgord et Segrè 2011), qui permet 1) d’améliorer la des-cription des compartiments biologiques au sein des écosystèmes (Focus 12-1), tant en termes


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