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GLOSSAIRE GÉNÉRAL Alignement (p 58) : comparaison de séquences d’ADN placées les unes sous les autres pour faire ressortir leurs éventuelles similarités et différences. Assemblage (p 26) : action de reconstituer un génome ou un fragment de génome à partir de ses fragments séquencés. Ceci est rendu pos-sible par les chevauchements des fragments de séquences. Barcode (p 8) : méthode d’identification molé-culaire des organismes à partir de leur ADN quand il est en relativement bon état. Des mar-queurs moléculaires de l’organisme à identifier sont séquencés et comparés à des séquences dans une banque de données. Couverture (p 39) : évaluation du nombre de fragments recouvrant la séquence d’une même région génomique. La séquence d’un génome est obtenue à partir de nombreux fragments assemblés. Plus une même région est séquen-cée plusieurs fois, plus sa séquence sera connue avec précision. Ecologie fonctionnelle (p 6) : domaine de re-cherche ayant pour objectif l’étude du fonction-nement des écosystèmes. Génome de référence (p 28) : génome séquencé et assemblé qui sert de référence pour d’autres projets de séquençage d’espèces proches. Génomique/transcriptomique (p 3) : science qui s’intéresse à l’ensemble du génome ou du transcriptome (ensemble des transcrits). Gigabases (p 23) (et autres unités de cette mesure)  : la paire de bases est l’unité du gé-nome et de son séquençage. Ce concept est en-suite décliné en fonction de la taille du fragment considéré en kilobases (mille paires de bases), mégabases (millions de paires de bases), giga-bases (milliards de paires de bases)… Métagénomique/métatranscriptomique (p 8) : c’est la génomique/transcriptomique de matériel génétique prélevé directement dans l’environ-nement et donc issu de communautés d’orga-nismes. Métabolomique (p 65) (voies métaboliques) : science qui étudie l’ensemble des métabolites (sucres, acides gras, acides aminés…) isolés d’une cellule, d’un tissu, d’un organisme ou d’un environnement. Microorganismes (p 10) : organismes vivants mi-croscopiques unicellulaires ou pluricellulaires (Vi-rus, Bactéries, Archées et certains Eucaryotes). OTU (p 39) : Operational Taxonomic Unit. En-semble de séquences ADN regroupées entre elles sur la base de leur identité dont le seuil est fixé arbitrairement (1 ou 5 % par exemple). Pipeline d’analyse (p 57) : suite de programmes bioinformatiques permettant l’analyse automa-tique de nombreuses données. Phylogénie (p 5) : étude des relations de pa-renté entre différents êtres vivants ou non en vue de comprendre leur évolution. Protéomique (p 65) : science qui étudie l’en-semble des protéines d’une cellule, d’un tissu ou d’un organisme. Séquençage de novo (p 31) : séquençage de génomes inconnus, n’ayant pas de référence dans les bases de données. Taxinomie moléculaire (taxon) (p 5) : science se basant sur la génétique moléculaire pour décrire les êtres vivants et les regrouper en entités nommées taxons. 94


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