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INEE : Prospective écologie fonctionnelle

PROSPECTIVE ECOLOGIE FONCTIONNELLE gestion des écosystèmes au regard des poli- TrèsGrands Equipements(écotrons) et à renforcer tiques internationales et nationales (Stratégie lessystèmes d’observationinterdisciplinairesdes Nationale pour la Biodiversité, filière Génie Bio- écosystèmes. Outrel’augmentation du nombrede logique, Compensation par l’Offre, etc.) actuelle- productions dans ce domaine (articles, livres, ment mises en place et qui vont susciter congrès, etc.) ; l’accroissement de leur qualité ou d’importants appels de recherches « actions » de leur publication dans des revues généralistes dans ce domaine pour les années à venir. (à plus haut facteur d’impact) ne peut être envi- sagée sans une augmentation significative du Afin d’accroître l’investissement du CNRS sur nombre de chercheurs et d’interactions entre eux cette thématique de recherche en gestion des afin de créer les opportunités permettant la pu- écosystèmes, il importe qu’un soutien et un in- blication d’articles de synthèse de haut niveau (à vestissement dans les réseaux, nationaux et in- partir de méta-analyses) ou des premiers articles ternationaux, de chercheur qui consacrent leurs théoriques ou de modélisation. Un soutien accru travaux à cette thématiqueet à ses applications aux recherches en écologie expérimentale dédiée soient mis en place. De même une politique vo- à la conservation et à la restauration des écosys- lontariste devrait inciter les chercheursdans cette tèmes, permettrait également de renforcer les re- discipline à utiliser les possibilités offertes par les cherches sur ce volet. II .8 La génomique environnementaleI III.8.1 Introduction La génomique environnementale (GE) utilise l’information génétique (ADN, ADNc) pour interroger la diversité, le fonctionnement et l’évolution du vivant à différents niveaux d’organisation (individu, populations, communautés), et différentes échelles temporelles (de la paléobiologie aux scenarii prospectifs) et spatiales (du micro-agrégat à l’écosystème). La GE concerne tous les domaines du vivant (Archées, Eucaryotes, bactéries, virus). Elle contribue également à l’identification de groupes taxinomiques encore inconnus. La GE constitue un domaine en forte expansion, au coeur et à l’interface de problématiques fondamentales et appliquées : elle contribue à l’exploration et « l’exploi ation » du vivant. La GE repose sur l’utilisation de différents outils moléculaires, et comprend en particulier la géno- mique, la métagénomi ue, la transcriptomique et la métatransciptomique, la protéomique et la mé- taprotéomique. Ces domaines couvrent l’analyse de séquences d'ADN, d'ARNs ou de protéines d'un organisme ou d’un groupe d'organismes.Le développementde ces outilset leur applicationà des pro- blématiques d’écologie fonctionnelle sont récents (moins de 10 ans), et liés à la mise sur le marché d'instruments de séquençagede nouvelle génération, permettant de produire de très grandes quan- tités de données pour un coût très réduit. La génomique environnementale n'est pas une simple boite à outils moderne, mais aussi et surtout une source de nouvelles idées, de nouveaux concepts et de nouvelles connaissances. En effet, elle offre la possibilité d'aborder des questions d'écologie sous un angle neuf, mais aussi d'aborder des questions et hypothèses qui étaient jusqu'alors inaccessibles. Ainsi, insufflées par la génomique en- vironnementale, plusieurs révolutions scientifiques sont en marche : 36


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