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INEE : Prospective écologie fonctionnelle

En analysant les domaines de publication (classe- ment des journaux par JCR), il est intéressant de constater que la production scientifique des cher- cheurs rattachés au CNRS est particulièrement bonne en proportion dans le domaine de l'écologie. III.8.3 Les avancées majeures au cours des 10 dernières années En introduction nous présentons un grand nombre de ces avancées majeures qui sont intervenues aux cours de ces 10 dernières années. L'émergence du champ de la génomique environnementale est intimement liée à la conception et au développement d'instruments nouveaux de séquençage massif (Nouvelles Technologies de Séquençage (NTS)). Des universités et centres de séquençage en Grande Bretagne et aux Etats-Unis sont à l'origine de brevets sur lesquels reposent les NTS et instruments développés. Aujourd’hui, la communauté scientifique nationale dispose potentielle- ment de différents accès aux NTS principalement au sein des plateformes distribuées en région et au Génoscope. D’autres accès sont disponibles via des entreprises privées et les centres de séquençage internationaux comme le BGI (Chine). III.8.4 Perspectives Concernant ces différentes questions, des pistes serait entreprise, pourrait être le fruit d’une ré- de réflexion peuvent être tracées : flexion nationale au sein de la communauté. • la génomique environnementale permet grâce • Les NTS (Nouvelles Techniques de Séquen- aux outils modernes d’aborder des probléma- çage) sont génératrices de volumes très impor- tiques considérantdes aspects jusqu’à là inex- tants de données que la communauté plorés de la complexité du vivant (génétique, scientifique doit être capable d’analyser, de spécifique et fonctionnelle : réseaux d’orga- stocker,et de partager. Les volumes de données nismes et expression génique) et de prendre en sont si importants que la question du stockage à considération leur dynamique spatiale et tempo- long terme de certaines données devra être relle (y compris sur des pas de tempslongs,dans posée en fonction de leur intérêt scientifique. Des le cadre des problématiquesde paléogénomique) critères de choix sont donc à définir. sous contraintes environnementales et anthro- • L’exploitation des données NTS fait émerger piques. Ces étudespourraientnécessiter la mise une demande forte de compétences variées à disposition de marqueurs/génomes/métagé- dans le domaine de l’informatique et des statis- nomes d’organismes/environnements de réfé- tiques permettant la manipulation,l’analyseet la rence car correspondant à des noeuds évolutifs valorisation des données NTS. Même si cette de- dans l’arbre du vivant, des marqueurs/orga- mande devrait à moyen terme aboutir à la propo- nismes fossiles, des organismes/communau- sition de routine d’analyses permettant tés/environnements d’intérêt scientifique ou d’accélérer l’exploitation des données NTS par biotechnologique,y compris issus de processus une large communauté scientifique, elle induira de domestication ou subissant des contraintes de fait un accroissement des ressources hu- climatiques ou anthropiques originales. La pro- maines consacrées à l’analyse in silico des don- position d’organismes/environnements de réfé- nées, donc une redéfinition des tâches et des rence, au sein desquels une étude approfondie compétences recherchées au sein des labora- des organismes présents et de leurs interactions toires. 39 PROSPECTIVE DE L’INSTITUT ECOLOGIE ET ENVIRONNEMENT DU CNRS


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