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INEE : Prospective écologie fonctionnelle

PROSPECTIVE ECOLOGIE FONCTIONNELLE • La puissancedes NTS ne doit pas faire oublier en découlent sans formalisation et programma- que le support ADN/ARN ne constitue qu’une tion informatique. La place de la recherche et des voies de production de données dans les des savoirs-faires en informatique et bioinforma- sciences de l’écologie et de l’évolution.L’émer- tique est donc cruciale. Pour cela, les pistes à gence des NTS peuvent être considérée comme encouragées sont : une opportunité de développerdes thématiques Le développement de compétences des et objets de recherche sur lesquels vont s’agré- chercheurs en écologie à l'analyse de don- ger un grand nombre de données et mesures, y nées « -omiques », compris celles acquises par les NTS. Ces thé- Le renforcement de l'insertion des labora- matiques et objets constituerontles centres d’in- toires ou plateformes en ingénieurs en bioin- térêt de réseaux de laboratoires de niveau formatique, national et internationalpermettant une approche Le renforcement des compétences des la- intégrée et multidisciplinaire. boratoires en informatique, bioinformatique, modélisation, et De ces pistes, il est possible de cerner plusieurs La culture de l'interdisciplinarité en favori- enjeux et défis fondamentaux : sant et identifiant les structures capables de • Instruments existants, accessibilité, forma- soutenir cet effort. tion : La capacité à développer de nouvelles ap- • Plusieurs ateliers prospectifs se sont dérou- proches et de nouvelles applications en lés ces dernières années autour de la géno- utilisant les équipements existants semble être mique environnementale et des techniques quelque chose d'assez parcimonieux et efficace associées. Ces ateliers ont été organisés au ni- en termes de moyens investis. En effet, l'inno- veau du CNRS en 2007 et en 2010. Leur fré- vation dans les méthodes n'est pas finie, mais quence doit être maintenue au regard de il semble que l'on assiste à une fuite en avant l'évolution rapide des NTS, des opportunités nou- concernant les équipements et la quantité d'in- velles qui se dessinent,et de la définition de nou- formations qu'ils produisent. Pourtant le volume velles chaînes de production des connaissances. de données n'est pas le seul élément à prendre • Il apparait essentiel de soutenir une réflexion en compte dans le choix des instruments pour d’envergure en génomique environnementale l'exécution d'un projet donné et au moins 2 dans le cadre d’un ARP La prochaine ARP doit questions simples se posent aux chercheurs: pouvoir soutenir une programmation ambitieuse Quelle quantité de données l'infrastructure en génomique environnementale soutenue par informatique locale est-elle capable de sou- une utilisation innovante des NTS dans un tenir et d'analyser (compromis entre tech- contexte international très compétitif. Cette ré- nique utilisée et moyens d'analyses) ? flexion doit accompagner le passage inéluctable Quelle est la capacité du chercheur à pren- du haut débit vers le très haut débit dans l’ana- dre en charge ces données, à les compren- lyse de la biodiversité, de l’écologie et de l’évo- dre et à les analyser ? Dans ce contexte, il lution des organismes et communautés. conviendrait de développer la formation des • L’accès des laboratoires de recherche aux étudiants, des ITA,des chercheurs et assurer NTS est assuré par de multiples guichets : Gé- un soutien technique à la communauté (tant noscope, plate-formes locales ou régionales, en production de séquences qu’en bioinfor- mini-séquenceurs de laboratoires, entreprises pri- matique), d'identifier et de soutenir la pro- vées. L’offre de séquençage se multiplie et se duction de séquences via notamment des mondialise puisque des centres internationaux plateformes ouvertes. proposent également leurs services (exemple • Percolation des savoir-faires, pluridisciplina- BGI). A court terme (2 ans), la production de sé- rité : les approches de génomique environne- quences NTS deviendra un secteur très concur- mentale offrent des opportunités intéressantes rentiel au niveau national et international dans de modélisation et de changements d'échelles. lequel chaque acteur devra trouver son origina- Ces développements pluridisciplinaires reposent lité, comme par exempleles délaisde production, sur la recherche en informatique et bioinforma- le coût, la proximité, les volumes de séquences, tique et les compétences à développer et à sou- la spécialisation sur un type de NTS, les services tenir qui y sont reliées. En effet, l’analyse de post-séquençage associés mais aussi par le dé- telles données repose actuellement sur des pro- veloppement d'applications originales et perti- cédures algorithmiques informatiques déjà dé- nentes qui passe par des mises au point et veloppées, et il n'y a pas d'innovations dans optimisations dans les étapes de productions de l'analyse des données et des interprétations qui séquence et en amont de ces étapes. 40


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