17 I.6 Les besoins et les moyens requis De nombreuses thématiques portées au sein des laboratoires de l’INE reposent sur la réalisation d’inventaires. Comment ? Pour quoi faire ? Par exemple, inventorier la biodiversité sous tous ses aspects (génétique, spécifique ou fonctionnelle) est une vieille question qui se pose à nouveau de manière aigüe et totalement renouvelée à la lumière de deux changements récents. l La prise de conscience que, dans la classique distinction entre known, unknown et unknowable, la part estimée de l’inconnu est beaucoup plus vaste qu’envisagée, notamment dans le domaine des micro-organismes. l Le développement accéléré des moyens d’investigation. Dans ce double cadre, la proportion du unknown s’accroit au fur et à mesure que, les techniques se développant, elles nous révèlent la diversité et la complexité de la vie marine, d’autant que s’y ajoute une érosion de l’expertise taxonomique dans les laboratoires. Paradoxalement, plus on découvre de nouvelles entités génétiques, spécifiques ou fonctionnelles, plus on réalise que nos connaissances sont lacunaires. La caractérisation moléculaire de la biodiversité marine est une voie privilégiée pour échapper à différents écueils méthodologiques d’estimation de la diversité du vivant à toutes les échelles. Cette caractérisation nécessite le maintien de moyens d’observation et d’accès aux écosystèmes marins (voir ci-dessous) et l’amélioration des infrastructures qui gèrent les référentiels de noms (les collections), la réorganisation des métiers et des infrastructures de séquençage massif face aux nouvelles technologies, en particulier en termes de capacités de calcul, et le soutien pérenne de la taxonomie et de l’anatomie qui donnent sens aux séquences produites (voir ci-dessous le paragraphe consacré à l’archivage). Devant l’obligation de répondre aux recommandations et directives internationales (type DCE, DCSM), devant la montée en puissance de questionnements de la société civile et des collectivités sur l’état écologique, la restauration et l’ingénierie écologique associée, l’appréciation des compensations, les services écosystémiques et devant l’importance que prennent les séries d’observations pour répondre à des enjeux de recherche fondamentale, comment mettre en place des moyens opérationnels permettant aussi bien des observations à court terme, mais haute fréquence, que des suivis à long terme et comment apprécier l’efficacité des actions entreprises (suivis) ? Dans ces suivis, la place du « biologique » reste encore très limitée. Il est urgent que se mettent en place des observatoires de la diversité marine en s’appuyant notamment sur des protocoles dédiés aux observations éco-évolutives et pouvant en outre bénéficier de nouveaux outils omiques (e.g. méta-barcoding et meta-génomique environnementale) en étroite relation avec les stratégies expérimentales en écologie. Plus généralement, la question de l’archivage des données actuelles et anciennes et de leur valorisation doit être traitée sans délais et il faut se donner les moyens de surmonter la contradiction entre une politique de projets à court terme, et le besoin d’études à long terme. Comment assurer la continuité des observations sur la durée ? Cette question est particulièrement criante pour les situations qui évoluent lentement, mais avec des fluctuations haute fréquence importantes; seules des séries longues permettent alors de dégager la tendance sous-jacente du bruit. Inventaires Suivis/observations
prospectivemer2013
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