métagénomes et métatranscriptomes, ouvrant la voie à la génomique et métabolomique des populations. Ainsi, les méthodes NTS permettent d’accéder à une mesure la plus objective possible de la biodiversité à différents niveaux systémiques : gènes, organismes, fonctions, populations, réseaux métaboliques, et d’appréhender l’évolution de ces biodiversités par l’étude des mutations. Cependant elles comportent aussi plusieurs difficultés. En effet, la réalisation d’un inventaire marin raisonné de la biodiversité implique de remplir plusieurs critères : • Disposer de moyens à la mer (navires, marins, logistique de terrain au service de la science et non l’inverse…). A noter que les volumes de milieu échantillonné augmentent de manière exponentielle avec la taille des organismes cibles. • Anticiper l’archivage physique de spécimens et donc d’allouer des moyens aux collections (fluides, contenants, heures de vacations, contrats d’ingénieurs). • Développer les capacités d’analyse et de calcul (heures d’ingénieurs). • Sous un aspect plus prospectif, l’inventaire moléculaire via le barcode, particulièrement important pour les microorganismes dont la biomasse est la plus importante et la biodiversité la moins connue, implique des moyens de séquençage massif qui devraient se trouver garantis à l’échelle nationale, et non à l’échelle de petits contrats, chaque laboratoire n’ayant pas les moyens de soustraiter à prix d’or tout le séquençage dont il a besoin, ni de posséder les machines devenues trop puissantes pour une seule UMR, fût-elle grosse. En somme, il existe ici un problème d’échelle, qui pourrait être résolu grâce à l’implication pérenne d’un centre national de séquençage. • Il faut impérativement garder à l’esprit qu’une séquence d’ADN ne vaut rien sans une étiquette fiable. Ceci nécessite, de soutenir non seulement les collections nationales qui sont des référentiels universels d’objets porte-noms, mais aussi, sur le long terme, les postes qui disposent de la compétence taxonomique nécessaire. Ceci vaut pour les macro- comme pour les microorganismes. Toutefois, pour ces derniers, des difficultés supplémentaires surgissent. Outre que les collections de microorganismes sont difficiles à établir et maintenir, se pose la question des microorganismes non-cultivables qui constituent l’essentiel des inventaires menés au moyen des outils moléculaires. Il s’agira donc de soutenir également les recherches permettant d’intégrer un maximum de microorganismes pas ou difficilement cultivables dans les souchothèques marines. 57 Dépôt d’échantillons d’ADN sur gel d’électrophorèse. Les molécules d’ADN migrent vers la cathode et sont séparées selon leur taille dans le gel. Un colorant, comme le bromure d’éthidium, permet de voir l’ADN sous les UV.
prospectivemer2013
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