prospective mer 64 tion, les fonctions physiologiques et les traits de vie chez un grand nombre d’espèces « non conventionnelles ». L’étude de tels modèles est grandement facilitée par l’accès croissant aux données de génomique et transcriptomique. Les dix dernières années ont connu un essor sans précédent dans l’acquisition de nouveaux outils moléculaires (séquençage et génotypage haut-débit) et de données génomiques via des programmes européens comme Marine Genomics Europe (aujourd’hui intégré dans l’initiative Euromarine). Ces outils doivent aujourd’hui être mis à profit pour l’étude des populations. SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), puces d’expression, analyse des transcriptomes et des génomes doivent trouver pleinement leur place V.2.4 dans les approches d’écologie moléculaire, d’écophysiologie et de biologie évolutive appliqués aux organismes marins. Le plein déploiement de ces approches passe par un changement d’échelle dans l’acquisition des données et donc par l’accès, pour la communauté de la biodiversité marine, à des plateformes au même niveau que celui dont bénéficie la communauté étudiant le développement ou l’évolution des génomes. La démocratisation de ces outils et de leur utilisation passe également par la mise en place coordonnée de plateformes de bancarisation et de traitement des données ouvertes à la communauté des biologistes marins. En amont, ces approches nécessiteront une réflexion approfondie sur les corpus théoriques et analytiques. Un soutien plus que jamais nécessaire à l’analyse in situ L’acquisition croissante de connaissances sur les génomes ne doit pas enfermer la communauté scientifique étudiant l’évolution de la biodiversité marine dans des outils et approches in silico. La capacité à comprendre les mécanismes d’acclimatation et d’adaptation passe par une étude fine des phénotypes et des variations génétiques ou épigénétiques, par un lien avec l’analyse des environnements et donc par des observations et expérimentations en laboratoire ou in situ. Combler nos lacunes nécessite de combiner des approches analytiques et expérimentales et donc suppose de se doter de moyens expérimentaux analogues à ceux déployés en domaine terrestre, (micro-, mésocosmes), en particulier d’écotrons marins adaptés à une large diversité d’organismes et ouverts à la communauté scientifique nationale et internationale. Les approches expérimentales devront couvrir une large gamme de niveaux d’organisation biologique depuis les individus jusqu’aux populations, espèces et communautés. Avec la même exigence et logique, il est impératif d’accompagner ces recherches par les moyens et structures nécessaires pour observer et documenter les changements. On ne pourra pas faire l’économie d’observations, y compris à long terme, dans les milieux marins côtiers comme hauturiers. Outre le maintien de moyens d’accès à la mer (bateau, plongée, systèmes autonomes d’observation etc.), une réflexion doit être conduite pour déterminer les sites et les taxons à privilégier dans ces observations, par exemple en détectant des espèces sentinelles des changements. Dans cette réflexion, il faudra se garder de négliger la « nature ordinaire » au profit des seuls habitats dits « remarquables ». Il faudra capitaliser sur les données existantes, accumulées depuis des décennies et documentant les modifications de traits d’histoire de vie, de phénotypes, de changements d’habitats, etc. La principale difficulté dans cet exercice sera de procéder au recollement des données existantes et d’assurer leur interopérabilité. Une initiative comme l’UMS BBES devrait pouvoir y contribuer.
prospectivemer2013
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