prospective mer 68 Biodiversité et interactions biologiques S’il est indispensable de connaitre la diversité des organismes qui peuplent les écosystèmes pour comprendre leur structure et leur histoire, il l’est tout autant de connaitre les relations qu’entretiennent V.3.1 les acteurs en présence pour saisir le fonctionnement de ces mêmes écosystèmes. Les interactions entre organismes façonnent la diversité des assemblages biologiques et en sont à l’origine. Elles se déclinent en d’innombrables situations regroupées en quelques grandes familles classiquement définies selon le type d’effet engendré par l’interaction sur l’un, l’autre ou sur les deux partenaires concernés (interactions conflictuelles ou bénéfiques) ou suivant le mécanisme à l’oeuvre. Les équilibres géochimiques, trophiques, énergétiques… du milieu marin sont strictement liés aux interactions entre organismes qui se sont développées à différentes échelles de temps et d’organisation du vivant jusque dans les milieux les plus extrêmes. Leur rôle est évoqué dans le chapitre VI au titre des réseaux trophiques, des cycles biogéochimiques, mais aussi à propos des relations hommes-environnements marins (chapitre VI). Alors que la macroécologie nous permet de constater les modifications de la répartition planétaire de nombreuses catégories de macro- et microorganismes (voir la section suivante ci-dessous), que les séries temporelles à long terme identifient des altérations significatives des rythmes et tendances de la dynamique des organismes marins, ou encore que les outils moléculaires autorisent une vision de plus en précise et exhaustive des assemblages biologiques (section V.1.3, ci-dessus), il reste un long chemin à parcourir pour connaître et intégrer les rôles des interactions dans la compréhension des dynamiques spatio-temporelles de la biodiversité marine et du fonctionnement des écosystèmes. Il s’agit en effet de relever un double défi : • Celui de continuer à s’investir dans la description et compréhension des très nombreuses interactions et de leurs mécanismes encore peu, mal ou pas connus. • Celui d’utiliser avec pertinence les connaissances actuelles, notamment dans les modèles de simulation du devenir de la biodiversité et comme support en biologie de la conservation. Des interactions à comprendre et à découvrir Les interactions entre organismes, notamment entre micro- et macroorganismes, sont à la base d’un grand nombre d’équilibres ou de déséquilibres dans le domaine marin, y compris au-delà du seul compartiment biologique. La connaissance fine de ces interactions conduira à mieux appréhender les réseaux trophiques, les questions de productivité, les phénomènes de symbiose qui peuvent conditionner les capacités adaptatives des hôtes… De même, l’étude des interactions hôtes-parasites doit permettre de mieux comprendre les phénomènes liés aux capacités de résistance et de résilience des écosystèmes marins (Figure V.9). Une tendance se détache cependant de l’ensemble de ces études : elles sont souvent « macro-centrées » dans le sens où elles sont principalement analysées à travers les bénéfices ou les inconvénients que les macroorganismes retirent de leur relation avec les microorganismes. L’autre partie de l’histoire (quels bénéfices ou inconvénients en retirent les microorganismes, quels mécanismes adaptatifs mettent-ils en jeu dans l’interaction ?) est bien moins abordée et mérite un effort de recherche plus important. Les communautés naturelles sont constituées de plusieurs centaines, voire milliers d’espèces si l’on inclut les microorganismes, espèces qui interagissent de multiples façons. On sait que la part du monde microbien dans ces réseaux d’interactions, notamment via ses multiples interfaces avec les macroorganismes, est énorme. Néanmoins, bien que recelant le plus grand nombre d’interactions sa connaissance est très fragmentaire et incomplète. La simple question de la co-occurrence des différentes catégories de microorganismes et de la description des réseaux d’interactions qu’ils forment est un véritable challenge. Le monde viral marin est le V.3
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