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[Actualité scientifique] Extraire les longues séquences dupliquées des génomes : ASGART, un outil simple, flexible, rapide, et open-source

par Clément Blondel - publié le , mis à jour le

Les variations de structures entre génomes sont générées par des échanges de matériel génétique entre longues séquences dupliquées. Elles sont largement sous-estimées, alors qu’elles affectent des gènes impliqués dans des fonctions fondamentales pour l’évolution de notre espèce, telles que la fertilité, la cognition, ou les sens (olfaction, audition, etc.). ASGART est un nouvel algorithme qui permet d’extraire, d’analyser et de visualiser ces duplications pour des génomes complets. Comparé aux outils existants, il est économe tant en utilisation CPU (Central Processing Unit) qu’en mémoire, ouvrant la voie à des études de génomique comparative ambitieuses et plus ‘vertes’. Cette étude comparative menée par des chercheur.e.s du laboratoire Anthropologie moléculaire et imagerie de synthèse (AMIS – CNRS/Université Toulouse III – Paul Sabatier) et de l’Institut de recherche en informatique de Toulouse (IRIT – CNRS/Toulouse INP/Université Toulouse Capitole/Université Toulouse Jean Jaurès/Université Toulouse III – Paul Sabatier) a été publiée dans la revue Bioinformatics.

Contact chercheuse
Patricia Balaresque

Voir en ligne : Sur le site de l’Institut écologie et environnement