Pour chacun de ses 10 instituts, le CNRS met en place un conseil scientifique d'institut.
CSI du mandat en cours
INP : CNRS Physique
IN2P3 : CNRS Nucléaire & Particules
INSIS : CNRS Ingénierie
INSU : CNRS Terre & Univers
INC : CNRS Chimie
INSB : CNRS Biologie
INSHS : CNRS Sciences humaines & sociales
INEE : CNRS Écologie & Environnement
INSMI : CNRS Mathématiques
INS2I : CNRS Sciences informatiques