Tests PCR : « Nous pourrons atteindre les 50 000 par semaine »

CNRS

Suite à l’arrêté ministériel du 5 avril, les laboratoires de recherche publics peuvent dorénavant être réquisitionnés pour effectuer des tests PCR1. L’objectif ? Porter à son maximum la capacité des tests de dépistage du COVID-19 en France. Explications d’André Le Bivic, coordinateur de cette mission pour l’organisme et directeur de l’Institut des sciences biologiques du CNRS (INSB).

  • 1. Le Test PCR repose sur le principe "d’amplification en chaîne par polymérase", c'est-à-dire qu'il repère le génome du virus et le duplique en grande quantité.

« Dès le début du confinement, des laboratoires du CNRS se sont portés volontaires pour soutenir l’effort de dépistage », note André Le Bivic, rappelant la liste des 20 laboratoires CNRS sélectionnés pour réaliser des tests PCR suite à l’arrêté ministériel du 5 avril. Les Français peuvent désormais à nouveau sortir de chez eux mais la crainte d’une « seconde vague » continue de planer. Pour parer cette menace, le gouvernement a notamment mis en place une politique d’accès à des tests, faisant appel aux laboratoires de recherche publics pour répondre à une demande forte si besoin.

40 laboratoires de recherche sélectionnés
Alors que certains laboratoires s’impatientaient de ne pas être sollicités alors qu’ils y étaient prêts, une intervention au plus niveau de l’Etat a finalement permis d’accélérer les actions du Ministère de la Santé et des Agences Régionales de Santé (ARS). L’Inserm a été désigné pour coordonner cette action et proposer une liste de laboratoires susceptibles de conduire des tests de dépistage pour atteindre l’objectif de 700 000 tests par semaine, que s’est fixé le gouvernement lors du déconfinement au 11 mai. Au total, 40 laboratoires ont été sélectionnés, dont une vingtaine de laboratoires CNRS couvrant l’ensemble du territoire. « Les réquisitions se font selon les besoins locaux. Les ARS émettent le besoin et se tournent vers le préfet qui pourra alors réquisitionner le laboratoire », explique le directeur de l’INSB. « Nous sommes en capacité d’atteindre 50 000 tests par semaine grâce à ces 40 laboratoires. »

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André Le Bivic, coordinateur de cette mission pour l’organisme et directeur de l’Institut des sciences biologiques du CNRS (INSB). © CNRS


La liste des laboratoires susceptibles de répondre à un besoin en tests PCR doivent remplir un cahier des charges bien précis. « Ces laboratoires disposent d’un équipement de sécurité de type P21 et d’un équipement pour extraire l’ARN du virus. Deux à trois personnes seront mobilisables par laboratoire. Ce sont des spécialistes en biologie moléculaire avec une bonne connaissance des ARNs », souligne André Le Bivic. Les tests sont réalisés sous l’accréditation et la responsabilité d’un CHU ou de l’ARS. Et tous ces laboratoires ont l’assurance de pouvoir continuer leur recherche dans le même temps : « Nous avons fait attention à ce que les deux activités restent compatibles », insiste-t-il.
 

 « Nous avions le matériel et la technique »
Le laboratoire de Génomique fonctionnelle métabolique et des mécanismes moléculaires impliqués dans le diabète de type 2 et les maladies associées2
de Lille fait partie de ces labos « dans les starting blocks » dès les premières annonces gouvernementales concernant les tests. A ce jour, il fait partie des deux laboratoires CNRS, au côté du Laboratoire Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements3 (IHPE) de Perpignan, qui pratiquent des tests PCR en France, en convention avec un prestataire privé. « Nous avions le matériel et maîtrisions la technique », explique Guillaume Mitta, directeur de l’IHPE, qui s’est battu pour que son laboratoire participe aux campagnes de tests pour le département des Pyrénées-Orientales. « Nous savions que l’hôpital de Perpignan avait une capacité de dépistage limitée à 80 tests par jour pendant le confinement par rapport aux besoins potentiels », explique-t-il. Guillaumme Mitta se heurte cependant à un refus de l’hôpital au mois de mars, son équipement étant jugé non conforme. Qu’à cela ne tienne. Le laboratoire engage une collaboration avec un partenaire privé, Biopole664, et monte un système en réseau permettant d’assurer la traçabilité et l’anonymat des échantillons. Aujourd’hui, dix chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs et techniciens se relaient pour assurer la bonne conduite de ces tests sur des personnes prélevées en dehors de l’hôpital. « Les tests sont réalisés sur les prélèvements effectués sur les deux drives des Pyrénées orientales, ceux effectués dans les Ehpad, les établissements médico-sociaux, mais également sur les forces de l’ordre. Nous passons ainsi à 550 tests par jour disponible pour le bassin de population. »

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Le laboratoire Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE) de Perpignan fait partie des deux laboratoires CNRS qui pratiquent des tests PCR à ce jour. © IHPE

Des tests à petit prix
« Nous avions compris que le manque de réactif était le problème majeur », note de son côté Bernard Mari, chef d’équipe en génomique à l’Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire5
(IPMC), situé en région Provence-Alpes-Côte d’Azur. Avec son équipe, il se lance dès le 19 mars dans la création d’un protocole de tests simplifié au travers d’un appareillage de leur plateforme de génomique permettant de miniaturiser les mesures, limiter les volumes de réactifs et permettre de la sorte de contourner les tensions en approvisionnement. « En trois semaines, le test fonctionnait. Et l’appareillage à haut débit permet de réaliser 4 810 réactions en 1h306. » Mais l’institut se trouve lui aussi confronté à un refus de l’hôpital, ce dernier estimant le test en dehors des normes habituelles. Suite au décret du 5 avril, l’institut se voit autoriser par l’ARS à réaliser des tests auprès de soignants hors CHU, par exemple au sein de certains Ehpad. « Lorsque nous avons enfin pu entrer dans la danse, les laboratoires privés sont arrivés avec de gros moyens et ont pris le relais. Nous nous sommes rapprochés d’un laboratoire privé pour leur apporter notre soutien en cas de problème. »
La qualité de cette nouvelle procédure, qui pourrait être renforcée par les équipements de plusieurs biotechs sur le site de Sophia-Antipolis, est de proposer des tests qui ne soient plus d’ordre médical, mais d’ordre épidémiologique. En effet, elle permet de proposer des tests à petit prix (le coût d’un test PCR est aujourd’hui de 58 euros, remboursé par la sécurité sociale) et donc à visée plus large. « Il y a eu un manque de capacité de test pendant 1 mois, c’est dommage que nous n’ayons pas pu intervenir », regrette Bernard Mari.

Des tests à grande échelle
L’Institut de génétique humaine7
(IGH) de Montpellier s’est également lancé dans la création d’un nouveau protocole de test en collaboration avec la plateforme Montpellier genomix de Biocampus. « L’une des étapes du test classique PCR consiste à purifier l’ARN8. Nous avons donc voulu développer un protocole de test en nous affranchissant de cette étape qui est longue et coûteuse », rapporte Monsef Benkirane, directeur de recherche à l’IGH, institut menant également des recherches sur des molécules anti SARS-COV-2. En se soustrayant à cette étape l’institut a pu ainsi développer un test basé sur le séquençage massif permettant de tester en une seul fois 19 000 prélèvements. « Frédérique Vidal, qui a visité l’IGH soutient notre projet. Le test sera proposé d’ici peu au Centre national de référence (CNR) qui validera ou invalidera le protocole. Si le CNR certifie notre test, il pourra ainsi être implémenté dans les laboratoires de biologie médicale qui en exprime le souhait », dit-il.

Un autre acteur pourrait révolutionner la rapidité de ces tests. Le consortium formé par la société de biotechnologie SKILLCELL, filiale du groupe ALCEN, le laboratoire SYS2DIAG9 et la société VOGO, a annoncé le lancement des phases d’industrialisation et de commercialisation d’un test salivaire de détection du SARS-COV-2, EasyCoV. Ce dernier permettra un dépistage par prélèvement de salive auprès des clients, avec un résultat obtenu en moins d’une heure.

Dans la foulée de ces pionniers des tests en laboratoires, d’autres demandes ont vu le jour en Ile-de-France, seule région de l’Hexagone en « zone orange », notamment en provenance de l’hôpital de Marne-la-Vallée, ce dernier exprimant un besoin en personnel pour réaliser ces tests. De nombreuses personnes se sont portées volontaires. A l’inverse, des requêtes émanant des Antilles et de la Guyane n’ont pu être satisfaites faute de laboratoires correctement équipés.

 

 

  • 1. Les laboratoires P2 requièrent des mesures de sécurité particulières concernant le bâtiment, l’équipement et l’organisation du travail
  • 2. Inserm/Institut Pasteur Lille/Université de Lille/CHU de Lille
  • 3. CNRS/Université de Perpignan/IFREMER/Université de Montpellier.
  • 4. Laboratoires de biologie médicale privés
  • 5. CNRS/Université Côte d’Azur.
  • 6. Soit une quantification de 192 échantillons en parallèle, avec la mesure de 12 paramètres différents.
  • 7. CNRS/Université de Montpellier.
  • 8. Acide ribonucléique : molécules issus de la transcription de l'ADN.
  • 9. CNRS/ALCEN.