Services numériques de bioimagerie Université Côte d'Azur/EMBRC-FR/IFB

Cristal collectif du CNRS
De gauche à droite : Sophie Abélanet, Faisal Bekkouche, Sameh Ben Aïcha, Frédéric Brau, Christophe Blanchet.

Lauréats

  • Sophie Abélanet, ingénieure en microscopie - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire2 (IPMC) - Délégation Côte d'Azur - Institut des sciences biologiques (INSB)
  • Faisal Bekkouche, responsable du service soutien à la recherche Informatique, bioInformatique, Imagerie et Infographie (I4) - Laboratoire de biologie du développement de Villefranche-sur-Mer3 - Délégation Côte d'Azur - Institut des sciences biologiques (INSB)
  • Sameh Ben Aïcha, ingénieure en microscopie - Institut de la Mer de Villefranche4 (IMEV) - Délégation Côte d'Azur - Institut national des sciences de l'Univers (INSU)
  • Christophe Blanchet, responsable cellule e-infrastructure - Institut français de bioinformatique5 (IFB-core) - Délégation Île-de-France Gif-sur-Yvette - Institut des sciences biologiques (INSB)
  • Frédéric Brau, responsable de plateforme d'imagerie cellulaire - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC) - Délégation Côte d'Azur - Institut des sciences biologiques (INSB)
  • 2. CNRS/Université Côte d'Azur
  • 3. CNRS/Sorbonne Université
  • 4. CNRS/Sorbonne Université
  • 5. CNRS/ Inserm/Inria/CEA/Inrae

Initié en 2017, le projet MutImage répond à un besoin essentiel en matière de stockage, d’analyse et de partage d'images biologiques. Développé en partenariat avec l’Institut français de bioinformatique1 (IFB), il offre un outil précieux aux laboratoires des sciences de la vie d'Université Côte d’Azur ainsi qu'aux stations marines du réseau EMBRC – France.  

Pour faire face à l’augmentation d‘images générées en sciences de la vie, l’équipe à l’origine du projet MutImage a déployé OMERO, une solution logicielle permettant la visualisation et la gestion d’images de microscopie, sur l’infrastructure cloud de l’IFB. Cet outil, conçu pour le partage des images, permet aussi à la communauté locale de bénéficier plus largement des outils d'analyse d'images développés sur la plateforme MICA (Microscopie imagerie Côte d’Azur) et de les coupler à la puissance de traitement des images disponible dans le cloud de l’IFB (grande taille mémoire et nombre de processeurs). Depuis janvier 2019, la base de données OMERO est accessible à toutes les équipes des sciences de la vie d’Université Côte d'Azur. L'utilisation croissante de cette solution et la dimension nationale du projet confirment sa réussite et son utilité : depuis son lancement, les nombres de groupes et comptes utilisateurs ont été multipliés par deux et le nombre d’images par cinq - pour atteindre près de 52 000 images stockées. En outre, plus de 140 formats de fichiers d’images sont pris en charge, y compris tous les principaux formats des microscopes commerciaux. Ce projet initialement créé pour les laboratoires de recherche en biologie et santé de la région Côte d’Azur a été étendu au réseau EMBRC France, le Centre national de ressources biologiques marines. Grâce à la synergie des membres de l’équipe, le projet MutImage est en mesure de fournir un outil fonctionnel d’excellente qualité en termes de fonctionnalité et de stockage des images, à une large communauté scientifique.

 

  • 1. CNRS/ Inserm/Inria/CEA/Inrae